检察院是国家法律监督机关，也是公诉案件的审查起诉机关。其主要职责是审查批准逮捕、自我调查案件的调查、审查起诉、公诉案件的公诉，并作为控方出庭。法院是国家审判机关，其主要职责是依法行使审判权，包括民事案件、刑事案件和行政案件的审判。上下级法院是审判监督关系，上下级检察院是领导关系。检察院有权依法监督法院的审判过程，有权对法院的非法审判提出纠纷意见和抗议。在刑事公诉案件中，检察院、法院和公安机关是分工合作、相互配合、相互监督的关系。
《人民检察院控告申诉检察工作细则（试行）》第十五条
处理检察机关管辖的控告、申诉案件，是人民检察院各业务部门的共同任务，是检验办案效果的重要渠道。控告申诉检察部门与其他检察业务部门要互相配合，分工负责：(一)对于正在审查批捕、审查起诉的刑事案件有关的控告、申诉，对公安机关的侦查活动和人民法院的审判活动提出的控告，移送刑事刑事检察部门处理。(二)对于与正在查处中的经济、法纪犯罪案件有关的控告、申诉和属经济、法纪检察部门管辖范围的控告、检举、分别移送经济、法纪检察部门处理。(三)在押服刑和管制、缓刑、假释、保外就医的犯人及其家属对判决或裁定不服，虽然人民法院复查驳回，仍有错误可能的申诉，以及对执行刑事判决、裁定中的违法活动和对监狱、看守所、劳改、劳教机关的违法活动的控告、检举，移送监所检察部门处理。(四)对检察干警违纪的检举、控告、移送人事、纪检等部门处理。