关于撒哈拉之眼的地质学成因,现在学术界普遍认同它是地形抬升与外力侵蚀共同作用的结果。在晚白垩纪时期,地幔中活跃的岩浆热液想攻破沉积岩层的防御,冲出地表,毁坏这片绿地。在沉积岩层顽强的抵抗下,岩浆最终梦想破灭没能冲破地壳。
脆弱的沉积岩层被慢慢侵蚀,使得岩浆的产物侵入岩和喷出岩得以外露,其中辉长岩(基性侵入岩)就形成两个同心环状岩脉。而岩浆附近的硅质岩石经过热接触变质作用形成石英岩,为撒哈拉之眼装点出神秘的蓝色。
这个神秘地区的成因意见不一。起初,一些学者认为这是天体撞击地球形成的陨石坑。然而,撒哈拉之眼的地形平坦,缺乏标志大规模地外撞击结构的圆形沉降和地层翻转现象,因此,陨石撞击的原因基本排除。一些学者认为环形结构可能是由火山爆发引起的,但这一论点很快被驳回。因为火山通常出现在地壳的裂缝处或板块的俯冲带,撒哈拉之眼没有这样的地理条件。还有许多外来者将撒哈拉之眼与消失的亚特兰蒂斯文明联系起来,认为它是亚特兰蒂斯的遗址。当然,这只是人们美好的想象。
撒哈拉沙漠是荒凉的。尽管撒哈拉之眼的确切原因仍然未知,但它为地质学家研究地壳运动提供了线索。也许,在不久的将来,通过这只神秘的眼睛,人们可以看到地球更长的历史和地壳的未来演变。