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马克思主义学院：科学社会主义与国际共产主义运动、中共党史、马克思主义基本原理、马克思主义中国化研究、思想政治教育
古籍整理研究所：汉语言文字学、中国古典文献学、中国古代文学、中国文学古今演变
中国语言文学系：民俗学、文艺学、语言学及应用语言学、中国古典文献学、中国古代文学、比较文学与世界文学、中国文学批评史、艺术人类学与民间文学、现代汉语语言学、出版（专业学位）、戏剧（专业学位）、戏剧与影视
外国语言文学学院：英语、法语、德语、俄语、日语、亚非语言、外国语言学及应用语言学、英语笔译（专业学位）、英语口译（专业学位）
新闻学院：新闻学、传播学、广播电视学、媒介管理学、新闻与传播（专业学位）
历史学系：中国史、世界史
哲学学院：马克思主义哲学、中国哲学、外国哲学、逻辑学、伦理学、美学、宗教学、科学技术哲学、国外马克思主义哲学
国际关系与公共事务学院：政治学理论、国际政治、国际关系、外交学、行政管理、公共政策、应急管理、公共管理（专业学位）
数学科学学院：基础数学、计算数学、应用数学、概率论与数理统计、运筹学与控制论、金融（专业学位）、应用统计（专业学位）
物理学院：理论物理、凝聚态物理、光学
现代物理研究所：粒子物理与原子物理学、原子与分子物理
化学系：无机化学、分析化学、有机化学、物理化学、化学生物学
计算机科学技术学院：计算机系统结构、计算机软件与理论、计算机应用技术、网络空间安全、电子信息（专业学位）
法学院：法学理论、法学史、宪法学与行政法学、刑法学、民商法学、诉讼法学、经济法学、环境与资源保护法学、国际法学、法律（专业学位）
航空航天系：航空宇航科学与技术、飞行器设计、生物医药工程
材料科学系：材料物理与化学、材料学、物理电子学、材料与化工（专业学位）
高分子科学系：高分子化学与物理、材料与化工（专业学位）
高等教育研究所：课程与教学论、高等教育学、教育经济与管理
旅游学系：旅游管理、旅游管理（专业学位）
文物与博物馆学系：考古学、文物与博物馆（专业学位）
泛海国际金融学院：金融（专业学位）、工商管理（专业学位）
经济学院：政治经济学、经济思想史、经济史、西方经济学、世界经济、国民经济学、区域经济学、财政学、金融学、国际贸易学、劳动经济学、数量经济学、金融（专业学位）、税务（专业学位）、国际商务（专业学位）、保险（专业学位）、资产评估（专业学位）
管理学院：应用经济学、统计学、概率论与数理统计、管理科学与工程、工商管理、会计（专业学位）、工商管理（专业学位）、金融（专业学位）、应用统计（专业学位）、国际商务（专业学位）
生命科学学院：动物学、植物学、生理学、微生物学、神经生物学、遗传学、发育生物学、细胞生物学、生物化学与分子生物学、生物物理学、生物信息学、人类生物学、生态学、生物统计学、生物医药（专业学位）
信息科学与工程学院：光学、光学工程、物理电子学、电路与系统、微电子学与固体电子学、电磁场与微波技术、光学系统与控制技术、通信与信息系统、生物医学工程、电子信息（专业学位）、项目管理（专业学位）、物流工程与管理（专业学位）
社会发展与公共政策学院：人口、资源与环境经济学、社会学、人口学、人类学、老年学、社会工作、社会工作（专业学位）、心理学、应用心理（专业学位）、社会保障
环境科学与工程系：环境科学、环境工程、资源与环境（专业学位）、环境管理（专业学位）
历史地理研究中心：中国史
国际文化交流学院：汉语国际教育（专业学位）
文献信息中心：图书情报
上海数学中心：应用统计（专业学位）
类脑智能科学与技术研究院：应用数学、生物医药工程
工程与应用技术研究院：物理电子学、计算机应用技术、生物医学工程、电子信息（专业学位）、机械（专业学位）
全球公共政策研究院：公共政策
代谢与整合生物学研究院：遗传学、生物化学与分子生物学
大数据学院：金融（专业学位）、应用统计（专业学位）、统计学
基础医学院：生理学、神经生物学、遗传学、生物化学与分子生物学、生物与医药（专业学位）、人体解剖与组织胚胎学、免疫学、病原生物学、病理学与病理生理学、法医学、分子医学、医学信息学、中西医结合基础、药理学、生物医学工程
公共卫生学院：流行病与卫生统计学、劳动卫生与环境卫生学、营养与食品卫生学、儿少卫生与妇幼保健学、卫生毒理学、健康教育与健康促进、公共卫生、社会医学与卫生事业管理
药学院：药物化学、药剂学、生药学、药物分析学、微生物与生化药学、药理学、临床药学、药学（专业学位）
实验动物科学部：动物学
放射医学研究所：放射医学
上海市计划生育科学研究所：生物化学与分子生物学、妇产科学、流行病与卫生统计学、
卫生毒理学、药理学
护理学院：护理学、护理（专业学位）
临床医学院：遗传学、生物化学与分子生物学、病原生物学、医学系统生物学、内科学、儿科学、老年医学、神经病学、皮肤病与性病学、影像医学与核医学、外科学、妇产科学、眼科学、耳鼻喉科学、肿瘤学、康复医学与理疗学、运动医学、麻醉学、急诊医学、中西医结合临床、药理学、临床药学
上海市影像医学研究所：影像医学与核医学
生物医学研究院：化学生物学、生物化学与分子生物学、医学系统生物学
脑科学研究院：神经生物学
软件学院：电子信息（专业学位）
微电子学院：微电子学与固体电子学、集成电路与系统设计、电子信息（专业学位）
人类表型组研究院：神经生物学、遗传学、生物化学与分子生物学、生物信息学、人类生物学
先进材料实验室：凝聚态物理、无机化学、有机化学、物理化学、高分子化学与物理、材料物理与化学
大气海洋科学系：大气科学、资源与环境
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