鹰潭市政府办公室内设机构主要包括秘书科、调研科、政府督查室、综合一科、综合二科、工交科、农经科、城乡建设科、科教科、政法科、公共机构节能科（技术科）、行政科、规范性文件科、依法行政科、行政复议科、机关党委、监察室以及市政府应急管理办公室和国有资产监督管理办公室等。以下是各科室的主要职责：
秘书科：负责机关日常运转，如文电处理、公文校核、印章管理和机要工作，组织各类会议，处理人事任免、审计、政务信息公开等文件，以及机构编制和人事管理工作。
调研科：负责市政府工作报告的起草，政务信息工作，根据领导指示进行相关调研。
政府督查室：负责重大专项督查，制定督查工作制度，协调本办科室的常规督查工作，处理人大代表建议和政协提案。
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市政府应急管理办公室：设有应急值守科和应急协调科，负责市政府值班工作和突发事件处理，以及应急体系建设和协调。
市政府国有资产监督管理办公室：管理企业领导人员，进行国有资产统计、考核，以及产权管理和战略规划。
市政府机关服务中心：负责机关后勤服务和政府大院的日常管理工作。