会宁县工商行政管理局内设机构职责分工如下：
办公室主要负责机关的政务管理，包括文件起草、文秘、档案、信访、机要、保密、房产、信息、后勤保障等工作。同时，它还承担综合性调研、协调全局调研，制定宣传规划并执行，推动办公自动化和信息网络建设，以及统计管理等任务。此外，办公室还负责人事、机构设置、人员编制、劳动工资管理，退休人员服务，干部管理、培训、评选表彰，基层建设、组织建设和队伍建设，以及社会治安、人口与计划生育等工作。
财务科主要负责财务监督与管理，制定财务预算和决算方案，监督收费项目、罚没收入的预算管理，票据发放和审计工作，确保“收支两条线”执行，以及对国有资产和财务的监督。
法规科承担起草和修改工商行政管理规范性文件，组织执法监督和听证，处理行政复议、应诉和赔偿事务，进行法规宣传和培训，实施执法责任制，指导法制工作和依法行政，负责经济违法案件评查，以及纪检监察、党风廉政建设和精神文明建设等工作。
登记科负责企业和个体私营经济的规章制度研究及执行，负责设立、变更、注销登记和监督，核对企业名称，颁发相关证照，组织年度检验和验照工作，查处登记管理违法行为，管理“经济户口”和信用建设，指导企业注册及个体私营企业监督管理，研究个体私营经济发展与管理，指导行业协会工作，并负责登记注册统计。
市场监督管理科负责市场秩序、不正当竞争和合同监管，监督市场经营秩序，管理经纪人和经纪机构，查处流通领域的违法违章行为和合同欺诈，管理动产和不动产抵押登记，监管拍卖活动，指导市场巡查和专项治理，负责商标、广告的监督管理，以及对商标侵权、假冒和广告违法的查处。
食品科专司流通环节食品安全工作，执行相关法律法规，实施监督检查，处理食品安全事件，确保市场准入，指导应急处置，执行上级交办的其他任务。