湖北中医药大学附属的医院有湖北中医药大学国医堂和湖北中医药大学黄家湖医院。
湖北中医药大学国医堂创建于1988年,起初为湖北中医学院疑难杂病专家门诊部,1992年经批准更名为“湖北中医学院附属专家门诊部”,1993年与学校保健科合并更名为“湖北中医学院附属门诊部”,2006年学校保健科剥离出去,2011年更名为“湖北中医药大学国医堂”。
湖北中医药大学黄家湖医院位于洪山区黄家湖西路一号,毗临美丽的黄家湖畔和武汉南大门,交通便利。 2009 年成功申办为一级医院, 2012 年 12 月 正式对外开诊,是一所集医疗、教学、科研、预防于一体的具体浓厚中医特色的中医医院。2015年10月通过省卫计委评审升为二级乙等医院。目前是湖北中医药大学临床教学医院,武汉市城镇基本医疗保险定点医疗机构。