46年的孙立人1946年1月，孙立人被派往美国参加联合国参谋总长会议，1946年3月下旬，新一军乘美舰在秦皇岛登陆，由于东北战事受阻，蒋介石急电孙立人返国指挥新一军。5月15日，在四平被攻陷前夕从郑洞国手中接过新一军的指挥权，正面攻击四平，时值新六军廖耀湘部在杜聿明指挥下迂回攻占塔子山，即将切断四平守军的退路，林彪见战况不力，先下令撤退，再给军委打电话报告。杜聿明接到投降的东北民主联军总部作战科长王继芳提供的准确情报后，确定共军战力已失，命令所属5个军进行超越追击，孙立人一路的新五十师强渡辽河，攻击公主岭，五日内攻陷长春，随后取回农安、德惠等战略要地，进展顺利。在救援海城的问题上，孙立人与杜聿明发生了矛盾，致使184师因孤立无援而投共，因为美苏的秘密协定，美国势力不进入北满和美国希望在中国推行两党制，在马歇尔的调停下国共休战。国军部队追击到松花江南岸为止，但蒋介石为了显示国军在松花江以北的存在，指令杜聿明派一个团渡过松花江，占领交通要点陶赖昭堡，杜聿明明知此地地形低洼，防守困难，但是是老头子指定的，不好反驳，就把皮球踢给孙立人，孙就派非嫡系的新五十师派一个团执行这个任务。
1947年，林彪为打破杜聿明的先南后北的作战方针，先后发动了三下江南、四保临江作战，1947年1月5日，孙部新38师1个营被共军第3师包围，孙立人命113团主力解围，结果在其塔木被全歼，113团团长赵狄被击毙。新50师150团从德惠出援也被击溃，这是孙立人第一次见识共军围点打援的威力。2月21日，1纵、2纵、6纵和一些独立师共12个师，突然二下江南，歼灭城子街新一军新38师89团，占领九台和农安。民主联军原想乘胜对德惠发起攻坚，却久攻不下，新五十师一四九团因坚守德惠被蒋介石赐名“中正团”，孙立人和陈明仁立即指挥4个师北上解围德惠，杜聿明打开了小丰满水库，使松花江江水大涨。企图截断民主联军的退路，迫使民主联军在松花江南与国民党军进行决战。东北民主联军却回避决战，撤到松花江北。随后在三下江南作战中，陈明仁的71军又有两个师被全歼，师长阵亡。新一军和新六军也各被歼灭一部。杜聿明屡次发电向蒋介石批评孙立人，指责其作战不力，骄横跋扈。蒋介石明升暗降其升为东北保安司令部副司令长官虚职，解除兵权，其新一军军长之职由坚守德惠成名，黄埔出身的新第50师师长潘裕昆接任。同年8月，蒋介石将孙立人调离东北，出任陆军副总司令兼陆军训练部司令，在南京成立陆军训练司令部。陈诚赴东北，拆散新一军组成新一军、新七军、以其老部队新50师使用新一军番号，而把孙的新38师改为新七军命其驻守长春，最后在长春围城后在他老部下李鸿带领下缴械投降，孙立人离开东北时，东北局势已经恶化，孙立人及时退出东北，对他个人而言是幸运，保全了他的名声。11月，孙立人将陆军训练部迁到台湾，并从新一军调去几百名他在税警总团和在缅甸作战时期的干部，一同前往台湾训练新兵，在台湾建立新军。早在1945年缅甸反攻胜利，孙立人声名如日中天的时候，有记者采访了共军总司令朱德，问他怎么看待新一军的战绩。朱德回答： “是的，他们打的很好，但那是在异域，一个相对封闭的环境，有美国人的全力支持，如果他回到国内这个环境，我不认为他能长期保持这种态势，制度总是比人要强。”
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