水文地质测绘的基本工作方法，主要是通过野外填图来完成。首先合理地布置观测路线，用来控制全区的地质及水文地质条件，其次是正确地选择观测点，深入分析研究有代表性的地质及水文地质现象，然后准确地填图，把每个观测点上的各种实际资料和测定的各种界线确切地标记在地形图上。
水文地质测绘一般是在比例尺大于或等于测绘比例尺的地形、地质图基础上进行的。当无相应比例尺的地质图时，应在水文地质测绘的同时进行地质测绘。测绘的比例尺应与勘察阶段相适应。一般初勘采用1/5万～1/2.5万，详勘采用1/1万或更大的比例尺。
观测线路的布置应当是：沿地质、地貌、水文地质条件变化最大方向，以获得最佳效果。如山区，垂直地层、构造线走向，穿越补给区和排泄区，沿沟谷等地下水露头较多的地段；平原区，垂直现代河谷和古河道，沿地貌变化最大方向；山前，沿冲洪积扇轴方向穿越补给带和泄出带；在水文地质条件变化不明显的平原和沙漠地区，也可按网状平均布置。
观测点应当布置在：地质、地貌、地下水变化最大的或具代表性的地段。如地层、地貌界线，断层、裂隙密集带，褶皱轴线，岩浆岩与围岩接触线，泉、井、钻孔、矿井、暗河出入口，地表水与地下水联系密切地段，以及岩溶形态、滑坡、盐渍化、沼泽化等物理地质现象发育的典型地段。
观测点的密度、观测路线的长度，应按规范“对不同比例尺测绘精度的要求”执行。
水文地质测绘的成果是以文字报告和图件表示的。基本图件应包括：实际资料图、地质图、第四纪地质图、地貌图、地下水等水位线图、地下水水化学图及综合水文地质图等。
整个水文地质测绘应划分为：准备工作、野外调查、室内整理3个阶段，有序地进行。各阶段的中心工作分别是：设计、野外编录和成果编制。抓好各阶段的中心工作，是质量的保证。这一工作方法与思路也适用于整个水文地质勘察。