(1)患者病情造血干细胞移植复发率与移植时患者的病情有关。急性白血病患者在第1次完全缓解期时接受移植的疗效最好，其复发率为20%左右。而在第2次完全缓解期或复发期移植，则复发率达50%以上。对于慢性白血病患者而言，异基因干细胞移植是唯一的治愈方法。
(2）患者对放化疗的敏感性移植时，均需大剂量放、化疗预处理，以清除患者体内的肿瘤细胞。因此，肿瘤细胞对放、化疗的敏感性将直接影响其移植的疗效。
(3）移植物质量所采集的造血干细胞的数量和质量与移植疗效相关。因此，造血干细胞采集后或自体造血干细胞冻存复苏后，均需行有核细胞数量、CD34阳性细胞数量检测，符合要求的方能进行移植，以此来保证移植的成功。
(4）预处理方案移植后疾病是否复发，与预处理方案中放化疗药物及放射线剂量的强弱也有关系。
(5）年龄及性别这也是影响疗效的一个因素。供、受体均在40岁以下者疗效最佳。女性患者或供者，尤其是有妊娠或分娩史的女性供、受者对移植疗效的影响较大。
(6)HLA匹配程度影响异基因造血干细胞移植成功与否的主要因素，是供受者之间主要或次要组织相容性抗原的差异，若是差异较大，患者便会出现较高的移植物排斥、移植物抗宿主疾病等并发症，严重影响临床疗效。这也是异基因造血干细胞移植应用的最大限制，最好做到HLA-A、B、DR的全相合。