企业所得税应该在单位所在地的主管税务局缴纳。按照规定，建筑企业在外地施工，应该向施工地（异地）税务局缴纳增值税、城建税、教育费附加。所得税在施工地预缴，在公司所在地汇算清缴。
相关规定
《国家税务总局关于建筑企业所得税征管有关问题的通知》(国税函〔2010〕39号),该文件对跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市，下同）经营建筑企业所得税征收管理问题通知如下：
一、实行总、分机构体制的跨地区经营建筑企业应严格执行国税发〔2008〕28号文件规定，按照"统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库"的办法计算缴纳企业所得税。
二、建筑企业跨地区设立的不符合二级分支机构条件的项目经理部（包括与项目经理部性质相同的工程指挥部、合同段等），应汇总到总机构或二级分支机构统一计算，按照国税发〔2008〕28号文件规定的办法计算缴纳企业所得税。
三、各地税务机关自行制定的与本通知相抵触的征管文件，一律停止执行并予以纠正；对按照规定不应就地预缴而征收了企业所得税的，要及时将税款返还给企业。未按本通知要求进行纠正的，税务总局将按照执法责任制的有关规定严肃处理。
《国家税务总局关于建筑企业所得税征管有关问题的通知》(国税函〔2010〕39号)文根本上解决了当前建筑异地施工企业按照建筑施工地的征收率征收企业所得税的问题，对全国的建筑施工企业是一件“利好消息”。由于该文件是2010年1月26日下发的，对于2009年度的建筑施工企业已经在建筑施工地被当地税务主管部门征收了企业所得税的，应有权利要求当地税务主管当局退回。