粪便的加工处理方式多种多样，有物理方法、 化学方法、微生物发酵法、多种方式综合法，其洋法与土法、古老与现代并存，各有优劣，应因地制宜。粪便发酵作肥料的传统老办法是，让其自然堆积发酵5~6个月，作饲料也要二十天或一个月左右，这样臭味散发,既污染环境又造成养分大量流失。而用微生物发酵法处理粪便，不仅能加快发酵过程，缩短发酵时间，防止浪费提高粪便的营养价值；而且能通过发酵产生温度烘干粪便，节省能耗，成本低廉，操作简单，易于推广，因而受到用户欢迎。本方法适合处理鸡粪、猪粪、牛羊粪、鸭粪、鹌鹑粪、兔粪、鸽粪等动物粪便。。
发酵方法：1） 发酵原料：健康新鲜的粪便
2） 工具：搅拌机；塑料容器或水泥池（或者土坑垫塑料薄膜）；塑料薄膜；粉碎机（普通农用型）；铁锹。
3） 发酵菌种：农盛乐em菌液发酵剂。
4） 配比：配方一：干粪便1000公斤， 农盛乐em菌液发酵剂3-5公斤；配方二：湿粪便700公斤，麦麸或稻糠或秸秆粉300公斤， 农盛乐em菌液发酵剂3-5公斤。
5） 操作规程：
① 将发酵原料按配比准备1000公斤，此为发酵原料待用；
② 将3-5公斤农盛乐em菌液发酵剂倒入350公斤水中稀释搅拌均匀，稀释用水最好为井水或河水，若为自来水请放置24小时后再用；
③ 如有搅拌机：可以先将粪便混合2分钟后，再倒入发酵液稀释液搅拌6分钟；没有搅拌机：用铁锹搅拌按由少到多的原则，即先将发酵液稀释液倒入少量发酵原料中搅拌均匀，直到没有团块，然后再将搅拌好的少量发酵原料倒入剩余发酵原料中搅拌均匀，直到没有团块；（注意：视发酵原料干湿程度增减稀释用水水量，稀释的发酵液用水应是发酵原料的35%左右，拌成以手握成团，指缝见水但不滴水珠，松手即散为好。注意：水多了易酸，少了发酵不透。如发酵原料较湿，应减少稀释的用水量。）
④ 将混合后的发酵原料放入塑料容器或水泥池（或者土坑垫塑料薄膜）中，最后装满压实，排去空气后用塑料薄膜密封，一定要完全密闭，适宜温度为25-35℃，发酵5-10天（一般夏5天，春秋7天，冬10天），注意温度和时间的掌握，直到没有臭味含有酒味即为发酵成功。
粪便发酵的后的用途：
1、可以用来养殖鱼虾，不污染水质，既可以作为鱼虾饲料，又可以作肥水产品；
2、可以用来养殖黄粉虫、蝇蛆、蚯蚓建立生态养殖模式；
3、可以制作种植、花卉等生物有机肥。
4、粪便发酵做有机肥料能增强农作物抗病能力。有机物料在肥料发酵剂类产品发酵处理过程中，伴随着微生物的大量快速繁殖和一系列复杂的生化反应过程，微生物在繁殖过程中会产生大量的特效代谢物质（如酶、激素、抗生素，这些物质是生物体本身自然所产生的，不是外来的化学激素抗生素，只有好处而无任何毒副作用），其中激素可刺激作物快速生长发育；而抗生素则能明显抑制土传病菌的传播，提高作物抗病、抗逆性能。而不发酵处理的粗制有机肥不但没有这些优点，反而由于其自身带有致病菌，成为传播作物病害的主要传染源。所以说肥料发酵剂这些产品发酵处理后具有很好的抗病作用，是值得推荐的好方法，节约农药成本提高经济效益。
5、.粪便发酵剂可以发酵粪便作为饲料喂猪喂鱼等等，变粪为宝！
禽类和哺乳动物粪便发酵方法类似。
未发酵粪便，施入土壤中会发酵，产生热量、有害气体，有烂种子、烧根、烧苗现象，而且发酵时间长，产生肥害反而影响农作物生长，没有发酵腐熟的农家有机肥，施入土壤病虫害较多，动物粪便里、农作物秸秆、下脚料里含有病菌、虫卵、病毒，如果直接施入土壤，会在土壤中漫延、滋生、孵化，危害农作物生长，爆发病虫害疫情。
有机肥发酵原理
腐熟的猪粪有机肥一般需要两个阶段，即第一次高温堆肥腐熟发酵阶段和第二次陈化阶段。不稳定的有机物通过腐熟过程，通过微生物作用下，转化成稳定的腐殖质。其温度变化可以界定是否腐熟。
第二阶段：温度初见降低，氧气吸收率降低，臭味完全消失。相对于第一次堆肥腐熟来说，不能没有第二次堆肥，因为二次堆肥可以降解难降解的有机物，嗜温微生物菌落重新建立，从而有助于有机肥腐熟、减少植物毒性物质和抑制病原菌。
第一阶段：通过配比原料基质，肥堆高氧吸收，产生高温，可降解挥发性固体大量减少，臭味逐渐降低，肥堆颜色逐渐变化，需保持良好的曝气和水分控制。
温度升高阶段：有机肥腐熟温度上升到45℃，主要以放线菌、真菌和细菌为主，主要分解糖类和淀粉。甚至有源生物动物和动物参与。高温阶段：腐熟温度达到45℃以上，嗜温微生物被抑制，嗜热主导。可溶解的有机物继续被氧化分解，复杂的有机物（纤维素、半纤维素、蛋白质、木质素）也开始被分解。50℃左右（嗜热真菌和放线菌）；60℃左右（嗜热细菌和放线菌）；70℃左右（大多微生物已经不能适应）。最佳腐熟温度为55℃，这是因为大多微生物在该温度最活跃，最易分解有机物，病菌、虫卵、杂草种子大多数会被杀死。降温降低阶段：嗜温微生物又开始大量繁殖，占据优势，对残余难分解的有机物作进一步分解。此时微生物活性下降，堆肥腐熟需氧量降低，温度下降，肥堆逐渐趋于稳定。
有机肥发酵方法
厌氧发酵：在缺氧或无氧条件下,主要利用厌氧微生物进行的堆肥化过程。最终产物除腐殖质类有机物、二氧化碳和甲烷外，还有氨、硫化氢和其他有机酸等还原性物质。工艺简单、不需进行通风,但反应速率缓慢，堆肥化周期较长。
好氧发酵：在人工控制和一定碳氮比例（C/N）、水分、温度和通风的情况下，通过微生物将有机质转化为稳定的腐殖质的过程，这类堆肥无臭无蝇，反而有淡淡的泥土味。
有机肥发酵工艺
静态条垛堆肥：无需翻堆，能够确保堆体有效的达到高温和病原菌体灭活，缩短堆肥周期。
动态条垛堆肥：通过人工或机械定期翻堆，来确保堆体好氧状态。
反应器堆肥：在一个容器或几个容器进行，能够有效的控制温度，水分，从而监控堆肥发酵程度。
