中山大学附属第二医院的心血管内科作为重点学科，由20名医师组成，其中包括3名教授和主任医师，6名副教授和副主任医师，9名讲师和主治医师，以及2名住院医师。该科室拥有丰富的学术力量，博士生导师1名，硕士生导师6名，11人拥有博士学位，3人拥有硕士学位。设备先进，包括大型心血管造影系统、64层螺旋CT等，可满足各种临床诊疗需求。
呼吸内科自五十年代建立以来，是国内最早进行肺功能研究的科室之一。现有2名教授和主任医师，2名副教授和副主任医师，以及4名讲师和主治医师，其中1名博士和5名硕士。特色项目包括免疫治疗支气管哮喘、介入性呼吸病学治疗等，如球囊扩张术和肺活检技术，提高了诊断准确率。
消化内科由陈国桢教授创建，是国内最早一批消化内科专科之一。该科是硕士、博士研究生教育的重要基地，拥有5名教授和主任医师，8名副教授和副主任医师。学科带头人陈其奎教授带领团队提供高品质的医疗服务，解决食管、胃、肠道等多种消化系统疾病的疑难问题。科室设有消化病区、内镜检查室和消化检查室，致力于消化性溃疡、炎症性肠病等疾病的前沿研究和临床治疗。
中山大学附属第二医院，原名中山医科大学孙逸仙纪念医院，是一所历史悠久、具有光荣革命传统的大型综合性医院。它诞生于1835年，由美国传教士伯驾（Dr.ParKer）先生创办，是近代中国成立最早、延续时间最长的西医院。