应纳税所得额的计算方法主要有两种：直接法和间接法。
1.直接法：
计算公式为：应纳税所得额 = 收入总额 - 不征税收入 - 免税收入 - 各项扣除 - 允许弥补的以前年度亏损。
其中，收入总额包括企业以货币形式和非货币形式从各种来源取得的收入，如销售货物收入、提供劳务收入、转让财产收入、股息红利等权益性投资收益、利息收入、租金收入、特许权使用费收入、接受捐赠收入以及其他收入等。
2.间接法：
计算公式为：应纳税所得额 = 会计利润总额 +（-）纳税调整项目金额。
会计利润总额的计算公式为：利润总额 = 营业利润 + 投资净收益 + 营业外收入 - 营业外支出；营业利润 = 主营业务利润 + 其他业务利润；主营业务利润 = 主营业务收入 - 主营业务成本 - 期间费用 - 营业税金；其他业务利润 = 其他业务收入 - 其他业务成本 - 营业税金。
纳税调整项目金额主要包括税收规定范围与会计规定不一致的应予以调整的金额，以及税法规定扣除标准与会计规定不一致的应予以调整的金额。
在计算应纳税所得额时，下列项目不得从收入总额中扣除：
1、资本性支出；
2、无形资产受让、开发支出；
3、违法经营的罚款和被没收财物的损失；
4、各项税收的滞纳金、罚金和罚款；
纳税人逾期归还银行贷款，银行按规定加收的罚息，不属于行政性罚款，允许在税前扣除。
5、自然灾害或意外事故有赔偿的部分；
6、超过国家规定允许扣除的公益、救济性的捐赠，以及非公益、救济性的捐赠：纳税人用于公益、救济性捐赠，在年度应纳税所得额3%（金融保险企业1.5%）以内的部分准予扣除，纳税人的非公益、救济性捐赠不得扣除。
7、各种赞助支出；
8、与取得收入无关的其他各项支出。
综上所述，居民个人综合所得的应纳税所得额是其每年的收入总额减除费用六万元以及各项法定扣除后的金额；而经营所得的应纳税所得额是每年的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额等。
【法律依据】：
《中华人民共和国个人所得税法》
第六条
应纳税所得额的计算：
（一）居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。
（二）非居民个人的工资、薪金所得，以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额；劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得，以每次收入额为应纳税所得额。
（三）经营所得，以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额。
（四）财产租赁所得，每次收入不超过四千元的，减除费用八百元；四千元以上的，减除百分之二十的费用，其余额为应纳税所得额。
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