启动子的意思是DNA分子上能与RNA聚合酶结合并形成转录起始复合体的区域，在许多情况下，还包括促进这一过程的调解蛋白的结合位点。
转录起始位点意思是转录时，RNA链第一个核苷酸相对应DNA链上的碱基，通常为一个嘌呤。
一般启动子位于转录起始点上游，也有转录起始位点与启动子有重合的。
真核生物有3类RNA聚合酶，负责转录3类不同的启动子。
RNA聚合酶I负责转录的rRNA基因，启动子（I类）较单一，由转录起始位点附近的两部分序列构成。第一部分是核心启动子，由-45—+20位核苷酸组成，单独存在时就足以起始转录。另一部分由-170—-107位序列组成，称为上游调控元件，能有效地增强转录效率。
RNA聚合酶Ⅲ负责转录的是5SrRNA、tRNA和某些核内小分子RNA（snRNA），其启动子（Ⅲ类）组成较复杂，又可被分为三个亚类。两类5S
rRNA和tRNA基因的启动子是内部启动子，位于转录起始位点的下游，都由两部分组成。第三类启动子由三个部分组成，位于转录起始位点上游。
RNA聚合酶II负责转录的II类基因包括所有蛋白质编码基因和部分snRNA基因，后者的启动子结构与III类基因启动子中的第三种类型相似。编码蛋白质的II类基因启动子在结构上有共同的保守序列，多数II类启动子有一个被称为TATA盒的共有序列，通常处于-30区，相对于转录起始位点的位置比较固定，也有一些II类启动子不含有TATA盒，这样的启动子称为无TATA盒启动子。
原核生物启动子是由两段彼此分开且又高度保守的核苷酸序列-35区和-10区组成，位置关系：-35区，-10区与-35区之间的间隔，-10区，间隔，转录起始位点