南京本科院校有以下几所：
1. 南京大学。
2. 南京航空航天大学。
3. 南京理工大学。
4. 东南大学。
5. 南京农业大学。
6. 南京师范大学等。
解释如下：
南京大学是江苏省的一所综合性大学，享有很高的声誉。其学科涵盖了文、理、工、管、法、医等多个领域，是国内一流的研究型大学之一。
南京航空航天大学在航空航天领域具有显著优势，是国内知名的工科高校。除此之外，该校的经管、人文社科等专业也颇受欢迎。
南京理工大学以工科为主，特别是在兵器科学与技术等领域有着深厚的积累。该校的理工科专业在国内具有很高的影响力。
东南大学是江苏省的另一所综合性大学，工科专业尤为出色。该校的建筑学、电子信息等专业在全国都有很高的排名。
南京农业大学是我国农业领域的重要学府，拥有多个国家级重点学科，如作物学、农业资源与环境等。
南京师范大学是师范类高校中的佼佼者，教育学、心理学等专业在国内享有很高的声誉。此外，该校的文学、历史等学科也有很高的学术水平。
南京除了上述本科院校外，还有其他多所本科院校，如南京医科大学、南京林业大学等，这些学校在不同领域都有着自己的特色和优势。