安徽医科大学的基础医学院起源于1976年，起初名为基础医学部，2000年正式更名为现在的名称，是学校的重要组成部分，专注于教学、科研、社会服务和学生管理。学院拥有一个结构合理的教师团队，包括241名教职工，其中有29位教授，43位副教授，79位讲师和13位高级实验师。教师队伍中，有全国模范教师、全国优秀教师，以及多位省级劳动模范、教学名师和教坛新秀，显示了学院的高水平师资力量。教师队伍中硕士或博士学位持有者占87.9%，其中43人已获得博士学位，还有在读博士、硕士等在读人员。
近年来，学院在人才引进上取得了显著成绩，有国家百千万人才工程第二层次人选、省学术技术带头人等，同时培养出众多学科带头人和骨干教师。学院的教学设施完善，拥有16个教研室、4个省级实验教学示范中心、1个综合实验中心和1个医学研究所，以及多个研究所和研究中心，设备总值超过3000万元。
学院注重学科建设和科研驱动，拥有4个省级重点学科、9门省级精品课程和多个学位授权点。省级重点实验室的设立推动了科研项目的开展，自2004年以来，学院承担的科研课题累计157项，资助经费近1000万元，发表学术论文665篇，其中SCI源期刊和国家核心期刊占比较高，出版专著和教材90人次，获得专利6项，参与国内外学术会议562人次，并举办或参与众多学术会议，科研成果丰硕，包括省部级和厅级奖项。
在教育领域，学院不断扩大招生专业，如生物技术、基础医学、临床医学和生物医学工程等，致力于培养高质量毕业生。学院注重就业指导，如1999年至2004年间，生物技术专业的毕业生就业率连续两年达到100%，表现优秀，受到学校表彰。
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