山本五十六，乘坐其旗舰“大和”号战列舰，在西面800公里的海上，正忍受着剧烈的腹痛。这症状被诊断为肠虫而不是烦恼所致，但其舰队的状况不能作为一瓶姑息剂。作为一名沉溺于国际象棋的棋手，山本目睹了这惨败的一着。日本损失了4艘航母、1艘巡洋舰、234架飞机和2500名官兵，包括许多最优秀的飞行员和获得奖章的珍珠港战役的老兵；美国损失1艘航母、1艘驱逐舰、147架飞机和307人。“萨拉托加”号航母于6月6日驶抵珍珠港，成为4艘美国舰队航母之一。日本剩下2艘舰队航母(和4艘轻型航母)。日本将建造更多的航母。美国将以更快的速度建造航母。在日本偷袭珍珠港之前，山本就预言，除非日本迅速打赢这场战争，否则它将被美国的生产能力所埋葬。
中途岛决定日本命运的5分钟，粉碎了它的贪婪欲望，使其企图占领澳大利亚或夏威夷的野心化为泡影。8月，美国陆战队将在瓜达卡纳尔登陆，斩断东京的帝国主义侵略魔爪。日本侵略者在中途岛的灭亡，是对其即将进行大屠杀的小小报应。1943年4月，山本本人将上西天——在加密电报泄漏了他的飞行航线后，他在所罗门群岛上空被美国的战斗机飞行员们击中——美军的破译人员为此立下了汗马功劳，他们在关键时刻将日本电报破开，他们的铅笔头比20毫米的加农炮还厉害。
日方朝云出版社出版的《中途岛海战》，已经从根本上否定了“命运的5分钟”说法!
“南云舰队中弹时，一航战的换弹(炸弹换鱼雷)尚未完成，攻击队正在准备起飞，第一架战斗机滑出甲板时中弹的说法虽然普遍，但可以肯定的是，这架战斗机属于舰队直掩机，而不属于对美特混舰队的攻击机队的护航机。”
根据赤城舰桥上的了望员证词，中弹瞬间，赤城飞行甲板上，连一架攻击机都没有。只有3架零式战斗机。其中1架似乎属于为第2攻击队准备的掩护机，但无法断定。因为当时为第2攻击队准备的护航战斗机，几乎都在上空掩护舰队。另外2架，可以断定属于刚刚降落下来，补充弹药燃料的直掩机。
而据飞行员证词，当时起飞的1架零式战斗机，是因为其飞行员发现了正俯冲下来的美军飞机，而立刻跳上眼前飞机起飞。可以证实，赤城中弹前，其甲板上只有3架零式战斗机，而且都没有飞行员。第2攻击队的97舰攻飞行员，正在待机室里等待起飞。
实际上，赤城等航母飞行员的伤亡并不大，这也证实了他们当时应该不在飞机座舱里，因为如果他们在整齐排列在甲板上的飞机座舱里，中弹后，在极短时间内便被陆续引爆的飞机将会大批杀死其飞行员。
即使有“命运的30分钟”或者“命运的60分钟”存在，“命运的5分钟”也是绝对不存在的。这大概是日本人独特的思维方式，“命运的5分钟”意味着“本来我们能赢”，“只是一点点的厄运”的日本人的主观愿望的投影。
“命运五分钟”一说最早来自曾参加偷袭珍珠港以及中途岛海战的日本海航军官渊田美津雄在战后五十年代出版的《中途岛海战》一书。渊田在这本书中提出，在10:20左右美军舰载机投下的炸弹从天而降时，4艘日本航母的飞行甲板上排满了已经加油挂弹准备升空的第二波舰载机，只要再有5分钟所有的飞机就可以起飞进行攻击，但就在这时美机的突然到来打断了这一切、瞬间决定了中途岛海战的胜败，言外之意是日军在中途岛的失败也许只是因为只差5分钟没能起飞第二波飞机（当然渊田在书中并没有完全回避日军在战略战术上的一系列失误，虽然部分评论有事后诸葛亮之嫌）。由于渊田是旧日本海军军官，又是中途岛海战的亲历者，而且他在战后移居美国、与许多西方学者交往密切，再加上“命运五分钟”一说满足了大众在历史中寻求好莱坞式的惊险刺激的心理，对战败的日本方面来说则多少提供了一种“天亡我、非战之罪”的心理安慰，因此渊田提出的“命运五分钟”在相当一段时间里被作为正统历史观点并在战后几十年间深入人心。 但是，越来越多的历史研究逐渐提出了从根本上否定“命运五分钟”一说的证据。不论是根据日本航母正常的航空作业流程（当时的日本航母完成起飞前作业需要至少一个小时，而10:20前的一小时四艘日本航母都在规避美军鱼雷机的持续攻击和不断回收-放飞巡逻战斗机，不大可能有机会将攻击机提升到飞行甲板上进行整备），还是根据参战的美日老兵的目击证词（多名亲历者、包括亲自带队攻击赤城和苍龙的两位美军中队长表示当时在日本航母的飞行甲板上几乎没看到一架飞机），得出的结论都是当时日本航母不可能有时间完成舰载机起飞前的整备工作，甚至很可能根本没来得及将第二波的攻击机提升到飞行甲板上，从而渊田的“飞行甲板上排满了飞机、再有5分钟就能起飞”的说法基本可以推翻了。如今，美日严肃向的历史著作中大多已经不再采信“命运五分钟”一说。
