生育津贴是否要扣除个人五险一金这个没有明文规定，是要看实际情况的。
如果公司发的是工资，公司需给员工缴纳五险一金；如果公司发放的是生育津贴，则不需要缴纳五险一金。按相关规定，产假期间由领取工资改按相关规定享受生育生活津贴，故单位发放的工资可以收回。但是对于五险一金的个人扣除部分应该由谁承担，因文件上没有明文规定，建议您和单位协商解决，如协商不成形成了劳动争议，可向劳动仲裁委员会提出裁定申请。
生育津贴指对职业妇女因生育而离开工作岗位期间，给予的生活费用。已经参加生育保险的，生育津贴按照用人单位上年度职工月平均工资的标准由生育保险基金支付。享受生育津贴的情形：女职工生育享受产假；享受计划生育手术休假；法律、法规规定的其他情形。
生育保险是国家通过社会保险立法，对生育职工给予经济、物质等方面帮助的一项社会政策，体现了国家和社会对妇女的支持和爱护。生育保险待遇包括生育医疗费用、生育津贴和一次性营养补助。
用人单位不得在女职工休产假期间降低工资待遇。生育保险对于大部分女职工而言一生可能只用到一两次，单位应切实担负起责任，为保障妇女儿童的基本权利提供物质条件。女职工如果对享受的生育保险待遇有异议，有权到用人单位或者社会保险经办机构查询，职工与用人单位因生育保险待遇发生劳动争议的，可以拿起法律武器维护自身合法权益。
《中华人民共和国社会保险法》
第五十三条 职工应当参加生育保险，由用人单位按照国家规定缴纳生育保险费，职工不缴纳生育保险费。