《红与黑的碰撞》
在Vermouth对决中，柯南听到了Vermouth给组织头目发邮件的前四位按键音，后来得知组织头目的邮件地址前四位是鸟取县的区号：0858，并且按键音的旋律取自儿歌《七个孩子》。柯南发现电视台女主播水无怜奈（代号Kir）是黑衣组织成员，并且有一个弟弟。水无怜奈在行动中受伤昏迷，被FBI送入杯户中央医院控制了起来。Vermouth通过事后调查得知了水无昏迷住院的消息。同时，一位和水无长得很像的男生本堂瑛祐调入兰的中学，一些行为与水无怜奈相似，引起柯南注意。在《红与黑的对撞》中，水无怜奈和本堂瑛祐的身份揭晓。本堂瑛祐的父亲是CIA在组织中的卧底，四年前被组织杀害。水无怜奈（原名本堂瑛海）是本堂瑛祐的姐姐，和父亲一样是CIA在组织中的卧底。（水无怜奈=本堂瑛海=Kir）
柯南在杯户中央医院（水无住院的医院）发现了假装患者住院的黑衣组织成员楠田陆道。不幸因FBI打草惊蛇，楠田陆道自杀身亡，尸体下落不明。Gin等人也因此推测出了水无住院的地点。
在水无怜奈的住院地点暴露给组织之后，柯南、赤井和已经醒来的水无进行合作，让FBI探员安德烈·卡迈尔开车运送水无出医院，水无假装袭击卡迈尔，回到组织，以进一步取得组织信任。
另外，我们也得知赤井秀一过去是宫野明美（Sherry的姐姐）的男友，潜入组织后表现出色，可惜因为FBI探员卡迈尔的失误，导致赤井秀一身份暴露，宫野明美被组织杀害。
水无回到组织后，组织头目命令她杀害赤井秀一。水无成功枪杀了赤井，并引爆其尸体，留下的右手指纹被证实是赤井秀一的指纹（通过对比柯南手机上留下的指纹）。
对决之后，本堂瑛祐拒绝了FBI的证人保护计划，推理出了柯南的真实身份，并且打算加入CIA与组织斗争。同时，柯南仿佛对赤井秀一“殉职”的消息并不感到惊慌。
红与黑系列主要信息：
1.水无怜奈真名本堂瑛海 与本堂瑛佑是姐弟 是CIA在黑衣组织的卧底
2.赤井秀一疑似牺牲。509 红白黄色与侦探团中出现新人物冲矢昴 令灰原有压迫感 在之后的种种线索中基本可以确定冲矢昴是赤井秀一【要不是他 我节操掉一地！】
3.贝尔摩德称柯南和赤井秀一是两枚能杀死组织的银色子弹 赤井殉职后 她说：“银色子弹，一发就够了”
4.509集中水无说组织派出了“据说是个搜集情报能力，以及观察力和洞察力都一流的人物”代号波本 为之后安室透出场做好伏笔
5.在工藤新一纽约事件中与毛利兰相遇 称兰哭的样子与“她”很像 （宫野明美）
然后是快车系列
柯南和少年侦探队、还有小兰等人一道参加了铃木特快号活动。
在车里，还出现了暗中接近灰原的黑影。随后，车上举行的推理题环节。转眼间，少年侦探队在7号车厢里目击了室桥先生被一个蒙面人枪杀而倒在椅子上，刚开始大家都一致认为那是推理活动题都没怎么在意。后来，从这辆特快列车的服务员里得知推理活动题还没开始。柯南便认为刚才目击的那一切是真正的密室杀人案，大家就马上赶回到刚才那个车厢前，但是没有想到在刚才车厢里的是小兰等人，据小兰等人说这个是8号车厢，可是，少年侦探队们认为这就是7号车厢。7号车厢消失不见了，这到底是怎么一回事？
不久，柯南识破了兰等人玩的推理游戏，找到了7号车厢里那个被枪击而死的室桥先生。随后，少年侦探队和小兰在走廊里遇到安室透，忽然一位伤疤赤井从灰原旁边与她擦身而过。柯南、小五郎等人认为汇集在8号所以车厢里的乘客都有杀人嫌疑。然后，他们就询问了服务员和8号车厢所有乘客他们的不在场证明。据服务员所说他自己在案发当时正在和安东先生、出波女士等几位乘客正在交谈，但是他却没有看见任何人从死者的车厢里出来。
而此时，黑衣组织的身影正在一步步的向灰原逼近。柯南等人据服务员说5年前，这趟列车在资产家人的生日宴会里还发生过一次大火灾，烧死了不少人。
就在这时候，灰原收到贝尔摩得发来的：“准备受死了吗？”的短信。灰原害怕极了，离开8号车厢，来到外面走道的一个角落里，突然，冲矢昴从对面的车厢里走了出来，让灰原到他的领地去。然而，灰原害怕地逃走了……柯南、小五郎、世良等人询问了乘客们的不在场证明后，就让8号车厢的所有乘客在走道上跑一下，然后用这个方法来寻找凶手。他们在门缝里询问出波女士的不在场证明时，柯南突然发现从这个门缝外看里面和之前在死者车厢的门缝外看东西有很多相同的地方，就觉得很可疑。
之后，柯南看到列车的车窗就仿佛知道了一切真相。另一方面，在走道里，伤疤赤井与有希子擦身而过，之后，世良就来到了伤疤赤井的面前，叫他几声“秀哥”，然后对他说了一句：“怎么会，秀哥明明死了？
不料，伤疤赤井就马上用电击棒把她给电晕了。就在这时候，柯南开始进行推理秀，指出了安东先生就是凶手，就在另个地方，有希子正在诱惑伤疤赤井，而这个伤疤赤井原来就是贝尔摩德所乔装的.，另一方面，冲矢昴将世良放在一个车厢的沙发上，世良嘴里还叫了几声：“秀哥。”冲矢昴看后脸上便露出了微笑。柯南成功破案后，黑衣组织的人立刻放出烟雾来，想要引诱雪莉出来，并把她给杀掉。
一团团的烟雾四处飘游着，大家都以为是发生了火灾，立刻全都迅速的跑去前面的车厢里避难。接着，雪莉跑到死者室桥先生车厢外面的走道后，而这时，安室透也出现在她的面前并对她说出了自己的代号：波本（Bourbon）。
另一方面，柯南给有希子打来了电话，询问灰原的去处，并让她好好执行作战计划，但是接电话的竟然是贝尔摩德。接着，贝尔摩德接到了同伴在八号车厢前发现雪莉的消息。此时，波本也对灰原说自己曾经见过她的家人，在组织里，他和诸星大是竞争对手，相看两厌，他也不相信秀一已经被黑衣组织的人给干掉，相信只有自己才能干掉他。之前，他也假扮成秀一在他的相关人员面前徘徊，试探秀一是不是真的已经死了。
他也确定秀一的确是死掉了。接着，波本举着枪威胁雪莉，最后再放出炸弹来准备迷昏雪莉，将她活捉。不一会儿，灰原就逃进了车厢里，把门给关上。
就在这时候，无伤疤的秀一从后面的车厢里走了出来，放出了一个手榴弹。接着，秀一逃走后，波本所在的这个车厢，立刻爆炸，接着，列车断为两段。刚开始，贝尔摩德和波本以为雪莉是被炸弹给炸死了。忽然，贝尔摩德看见雪莉由阿笠博士背着和柯南他们一起从列车里走了出来，便产生了怀疑。后来，贝尔摩德知道刚才那个雪莉是怪盗基德假扮的。出了列车后，小兰还将在列车的走廊里捡到了世良的帽子，然后交给她。这次多亏了有希子、基德、无伤疤秀一等人才成功的保护了灰原。波本看见了无伤疤的秀一，决定重新调查赤井死亡前后的详细资料。最终在列车前，冲矢昴睁眼露出和秀一相同的眼神。
再来是绯色篇
柯南史上最大的谜?
Bourbon和Vermouth通过调查得知了楠田陆道自杀的消息。Bourbon进而推理出冲矢昴就是赤井秀一，赤井的身死之谜也随之揭晓
之前柯南不仅想出了让水无怜奈重新潜入组织的计划，还预测到水无怜奈返回组织后会被命令枪杀赤井秀一。于是，柯南和秀一提前做好准备，让楠田陆道在柯南的手机上留下指纹，秀一假装被枪杀，火烧楠田陆道的尸体，制造秀一已死的假象。
紧接着，秀一利用阿笠博士的变声器和工藤有希子的易容术假扮成冲矢昴，住进新一家里，暗中保护住在隔壁博士家的灰原哀。
安室透（Bourbon，原名降谷零）其实是日本公安警察在组织中的卧底。Scotch（苏格兰威士忌）也是日本公安在组织中的卧底，但因不明原因殉职，仿佛与赤井有关。安室透因此痛恨赤井。然而安室透并没有把赤井还活着的消息告诉Vermouth或上报组织，Vermouth也似乎并没有察觉到安室透的卧底身份。
同时，剧情再次证实了Vermouth与组织的Boss有某种特殊关系，并且Bourbon是组织中少有的几个知情人。
秀一继续以冲矢昴的身份居住在新一家，并收到了水无怜奈的新情报——组织头目的亲信Rum（朗姆）已经出动，地位在Gin之上，是一个重要人物。
在“红与黑的碰撞”系列结束后，留下最大的悬念就是赤井秀一的生死。他是真的被水无怜奈一枪毙命了吗？剧情中不断暗示赤井仍然活着，而冲矢昴很可能就是赤井秀一的新身份。并且也留下了波本之谜。
在绯色系列”中，揭晓赤井秀一未死，雪佛兰中的尸体为楠田陆道，冲矢昴就是由赤井秀一假扮。黑衣组织波本的真实身份也被赤井秀一揭穿。
（摘自百度）
