关于病毒类生物的起源有两种理论。一种是病毒是最原始、最早的生物类型。所有其他细胞生物都是从病毒进化来的。另一种是病毒是细菌类单细胞生物失去细胞结构和功能后的生命类型。
目前倾向于第二种理论，即病毒是细胞生物失去细胞结构和功能后的生命类型。
在生物进化早期，一类细胞生物开始营寄生生活，在其他细胞生物体内利用寄主细胞内的营养成分生存。在长期生存中，这类寄生生物渐渐失去了细胞结构和绝大部分生理功能，只保留了最基本的遗传物质和保护性外壳蛋白，并把寄主细胞的防御性功能基因复制或整合到自己的基因中，使它侵入寄主细胞时不会遭遇细胞的防御机制的阻碍，从而形成了一类全新的生命类型，就是病毒类生物。
虽然病毒是细胞生物失去细胞结构和功能后的生命类型，但并不是说病毒是细胞生物的退化类型。生命进化虽然呈现出越来越复杂的趋势，但对于病毒来说，营寄生生活时，细胞结构已经变得可有可无了，既然能够利用寄主细胞中的物质实现繁殖，实现遗传信息的延续，为什么还要费力地保留细胞结构呢？
结构和功能的简化也可以认为是一种进化，而不是退化。
而对于第一种理论，由于生物实现生长和繁殖，实现遗传信息的延续需要多种酶和多种功能的共同作用，而病毒并不具有完整的功能，所以说它是最初、最原始的生命形式就有些不合理了。