取得意大利之役的胜利后,拿破仑的威信越来越高,他成为法国人的新英雄。而他的崛起令督政府感到受威胁。
拿破仑此时上报称打算进攻埃及,以开启法国向印度进攻的道路为由,事实上是离开巴黎以自保。
督政府害怕他在国内时间长了会夺权,于是任命他为法国埃及方面军司令。
拿破仑本人精通数学和天文学,同时还十分热爱文学与宗教,受启蒙运动的影响十分大。
这次在拿破仑的远征军中,除了2,000门大炮外,还带了175名各行业的学者以及成百箱的书籍和研究设备。
在远征中拿破仑曾下达过一条著名的指令:“让驴子和学者走在队伍中间。”
在远征埃及时,除发现罗塞塔石碑外,法军探险队深入金字塔内,拿出泥板楔形文字研究,开启日后考古学对埃及古文明研究起源,文化意义贡献重大。
共和国六年牧月下旬元日,拿破仑攻打马耳他圣若望骑士团得胜。
获月中旬三日,拿破仑率兵到达亚历山大港,以二万五千人的兵力与十万大军的马穆鲁克在金字塔下决战并获取胜利,这场战争法军仅仅损失了三百人。
但这时拿破仑的舰队被英国海军上将纳尔逊完全摧毁,部队被困在埃及,补给无法送达。1799年回国时,400艘的军舰只剩下2艘,原本侵略印度的计划受阻,人员损失惨重。