两所学校都是国内不错的MBA名校，这里就不引战了，到底哪个好还是要看适不适合你，这里提供几个对比的维度：
1、项目特色
主要包括师资介绍、课程设计、课程实施、行动学习、国际化程度、双学位项目、就业指导。这些信息两个学校的MBA项目的官方主页都会公开。另外像学费、学时也可以在官网上找到答案。
po个链接，不谢~
武汉大学MBA教育中心：
http://mba.whu.edu.cn/华中科技大学MBA教育中心：
http://mba.hust.edu.cn/index.htm2、商学院获得的国际认证资质
对商学院及MBA项目的国际三大认证：AACSB，AMBA和EQUIS，可以做为另一个维度的选校参考。其中AACSB认证是三大认证中时间最久、认证难度最大、最权威的一个，获得AACSB认证是商学院达到世界级水平的一个重要标志，截止2017年8月，中国大陆通过AACSB认证的商学院有21所，同时获得国际三大认证：AACSB，AMBA和EQUIS的国内商学院，更是凤毛麟角。上海交通大学安泰经济与管理学院、中山大学岭南（大学）学院、中山大学管理学院都是其中比较知名的院校。而武汉大学获得了AMBA和EQUIS两个认证，华中科技大学同样于2016年3月22日获得AMBA再认证。
3、剖析自身情况，匹配院校
建议你根据自身情况，来对目标院校进行匹配分析，在匹配分析中需要考虑一下几点：
1) 职业规划
2) 自身能力
3) 家人及朋友的建议
希望对您的择校有所帮助！