1950年3月30日，经东北人民政府批准，吉林省教育厅改为吉林省文教厅；1953年5月4日，吉林省人民政府决定撤消文教厅，分别设立省教育厅和省文化局。
1965年1月13日，经省人委转国务院批复，成立吉林省高等教育局，与省教育厅合署办公。省高教局内设办公室、高等教育处、半工半读教育处，行政编制21人，直属单位为吉林省函授学院；省教育厅内设办公室、人事处、普通教育处、半工半读教育处、工农业余教育处、计划财务处，另有直属单位《吉林教育》编辑部、吉林教育学院、教学仪器供应社等。
1966年，“文化大革命”正式爆发，教育行政部门长期处于瘫痪或半瘫痪状态。1968年3月，吉林省成立革命委员会，下设教育组管理全省的教育工作，内设办事组、大学组、中小学组；1972年4月，成立吉林省教育局，设有领导小组，由军代表任组长，局内设有秘书处、政治工作处、高等教育处、普通教育处、计划财务处等。
1980年9月，吉林省委、省政府决定撤销省教育局，决定成立省教育厅，厅内设机关党委、党总支部、办公室、人事处、计划财务处、高等教育处、普通教育处、学生处、工农教育处、民族教育处、中等教育结构改革办公室、纪检组。
1985年，吉林省委、省政府撤销省教育厅和省高教局，决定设立吉林省教育委员会。新成立的省教委内设机构为办公室（含外事办公室、后勤办公室）、人事处（含评定职称办公室）、计划财务处、初等教育处、中等教育处、师范教育处、职业教育处、中专处、大学处、政教处、学生处、体育卫生处、工农教育处、成人教育处、民族教育处、督导室、机关党委办公室，另有省纪律检查委员会派驻的纪律检查组。为加强领导，1990年3月，省委决定成立中共吉林省委高等学校工作委员会（简称省高校工委）。省高校工委是省委的派出机构，其内设部门为办公室、组织部、宣传部、党建部、高校纪工委。 2000年，吉林省人民政府做出决定，将原吉林省教育委员会更名为吉林省教育厅，主管全省教育事业和语言文字工作；中共吉林省高等学校工作委员会与省教育厅合署办公。新组建的省教育厅(省高校工委)设置19个职能处(室)，即办公室、政策法规处、发展规划处、人事处、高校干部处(高校工委组织部)、财务审计处、基础教育处、职业与成人教育处、高等教育处、民族教育处、师范教育处(省语言文字工作委员会办公室)、教育督导团办公室、高校思想政治工作处(高校工委宣传部)、高校学生处、科研产业处(省学位委员会办公室)、体育卫生艺术教育处、外事处、老干部处等，吉林省人民政府教育督导室更名为吉林省人民政府教育督导团。
