公务员的申诉和控告虽然都是保护公务员合法权益的手段，但二者之间既有共同点又有区别。
1．相同点
(1)申诉、控告的主体是公务员法律确定的公务员，公务员是具有特殊身份的公民，它享有一般公民没有的法定公务员权利，并履行公务员的义务。
(2)申诉、控告的对象是公务员法规定的机关及其工作人员。
(3)申诉、控告的客体是公务员所在机关及其工作人员侵犯公务员特有的权利和利益的违法或者不当行为，即只限直接侵犯公务员个人与其公务员身份有关的那部分权利，属于机关内部的管理行为。
2．区别
(1)起因不同。从导致申诉、控告行为的原因上看，引起申诉的原因，是公务员对已发生效力的处理决定不服，要求重新审查处理结果。而公务员控告的起因是所在机关及其领导人员实施了违法乱纪的行为。这里所说的违法既包括一般的违法行为，也包括犯罪行为；乱纪包括违反党纪和政纪的行为。
(2)前提条件不同。公务员的申诉必须以机关的人事处理决定的存在为前提条件；而公务员的控告则不以机关的人事处理决定的存在为前提条件。公务员只要认为所在机关及其领导人的行为违法乱纪，且涉及自己的合法权益，即可向有关机关告发，要求处理所在机关及其领导人员的违法乱纪行为。
(3)目的不同。申诉的目的是使处理机关改变或撤销对自己的处理决定，以便恢复自己的合法权益，并使已经受到的损失得到补偿；而控告的目的不仅是使自己的合法权益得到恢复和补偿，而且还要求有关机关追究实施不法侵害的机关或人员的法律责任。含有对实施违法乱纪行为的机关及其领导人进行监督的目的。
(4)受理机关不同。受理公务员申诉的机关是原处理机关、同级公务员主管部门或者作出该人事处理的机关的上一级机关；受理公务员控告的机关是上一级机关或者有关的专门机关。
(5)功能不同。申诉的重点是保护公务员个人的合法权益，及时纠正机关的不当处理；而控告的重点则是公务员对机关及其领导人的监督，以保证其执行政策和法律的准确性、严肃性。
