这要看职工工作失误是否给单位造成经济损失。
如果失误造成损失而对责任人（当事人职工）处罚（索偿），那么，在会计上可以做冲减损失的处理，即在收到款项时，借：库存现金或银行存款，贷：单位损失时所核算的成本费用科目。
如果工作失误未对单位造成经济损失，那么，该惩戒性处罚可以做冲减
管理费用科目的会计处理（可理解为：单位日常管理费用开支包含对员工的教育、业务培训以及其他相关的内部管理支出，对员工违反单位内部制度作出经济处罚收入可视为对单位内管理开支的补偿），而进行如此操作的前提是：单位必须已建立并实施相关的内部规章制度，职工工作失误行为已满足规章制度中相应条款或条件。
如果按照题目中所说的从职工工资中扣取相关款项，那么，通常做如下处理：
在单位管理层作出处理决定文书时（书面通告等内部文件），凭该文书作为账务处理的原始依据：
借：
其他应收款（职工）
贷：管理费用等涉及到的
会计科目发放工资时从职工工资中扣取相应款项（在此不考虑计提工资等相关成本核算处理）：
借：
应付职工薪酬贷：银行存款或库存现金
贷：其他应收款（职工）
采取上述通过工资扣取的方式，应避免产生
劳动纠纷情形：该做法符合单位内部制度规定；从职工当月工资扣取相应款项后，职工当月收入不应低于当地
最低工资标准；采取该方式必须获得职工本人的书面同意；
最后需要说明的是，上述所讲的单位内部制度，按照劳动法规等相关规定，如果制度条款涉及到职工个人利益的，相关内部制度在公布实施前必须先经职工大会审议通过。