一、原理不同
1、荧光显微镜：是以紫外线为光源， 用以照射被检物体， 使之发出荧光， 然后在显微镜下观察物体的形状及其所在位置。
2、激光共聚焦显微镜：在荧光显微镜成象的基础上加装激光扫描装置，使用紫外光或可见光激发荧光探针。
二、特点不同
1、荧光显微镜：用于研究细胞内物质的吸收、运输、化学物质的分布及定位等。 细胞中有些物质，如叶绿素等，受紫外线照射后可发荧光；另有一些物质本身虽不能发荧光，但如果用荧光染料或荧光抗体染色后，经紫外线照射亦可发荧光。
2、激光共聚焦显微镜：利用计算机进行图象处理，从而得到细胞或组织内部微细结构的荧光图象，以及在亚细胞水平上观察诸如Ca2+、pH值、膜电位等生理信号及细胞形态的变化。
三、用处不同
1、荧光显微镜：荧光显微镜是免疫荧光细胞化学的基本工具。它是由光源、滤板系统和光学系统等主要部件组成。是利用一定波长的光激发标本发射荧光，通过物镜和目镜系统放大以观察标本的荧光图像。
2、激光共聚焦显微镜：激光扫描共聚焦显微技术已用于细胞形态定位、立体结构重组、动态变化过程等研究，并提供定量荧光测定、定量图像分析等实用研究手段，结合其他相关生物技术，在形态学、生理学、免疫学、遗传学等分子细胞生物学领域 得到广泛应用。
参考资料来源：百度百科-激光扫描共聚焦显微镜
参考资料来源：百度百科-荧光显微镜
传统荧光显微镜使用荧光物质标志细胞中的特定结构，不仅图像与背景的对比度增强，而且由于许多荧光显微镜的光源使用短波长的紫外光当所观察的荧光标本稍厚时，传统荧光显微镜一个难以克服的缺点就显现出来：焦平面以外的荧光结构模糊、发虚。原因是大多数生物学标本是层次区别的重叠结构(如耳蜗基底膜。其实是外毛细胞 、多种支持细胞 、神经纤维等组成的空间结构),，在普通光学显微镜下聚焦平面的变化， 会表现出不同的形态。假若荧光标记的结构在不同层次上都有分布，且重叠在一起，反射荧光显微镜(epifluorescent microscope)不仅从焦平面上收集光量，而且来自焦平面上方或下方的散射荧光也被物镜所接收，荧光显微镜的光学分辨率就要大大降低 。
激光扫描共聚焦显微镜用激光作为光源，采用共轭聚焦原理和装置，并利用计算机对所观察的对象进行数字图像处理观察、分析和输出。 其特点是可以对样品进行断层扫描和成像，进行无损伤观察和分析细胞的三维空间结构[3]。 同时，利用免疫荧光标记和离子荧光标记探针，该技术不仅可观察固定的细胞、组织切片,还可以对活细胞的结构、分子、离子及生命活动进行实时动态观察和检测，在亚细胞水平上观察诸如 Ca2+，pH 值，膜电位等生理信号及细胞形态的变化，成为形态学、分子细胞生物学、神经科学、药理学、遗传学等领域中新一代强有力的研究工具[3] ，极大地丰富了人们对细胞生命现象的认识。本回答被提问者和网友采纳
激光共聚焦显微镜是采用激光作为光源，在传统光学显微镜基础上采用共轭聚焦原理和装置，并利用计算机对所观察的对象进行数字图象处理的一套观察、分析和输出系统。主要系统包括激光光源、自动显微镜、扫描模块（包括共聚焦光路通道和针孔、扫描镜、检测器）、数字信号处理器、计算机以及图象输出设备（显示器、彩色打印机）等。通过激光扫描共聚焦显微镜，可以对观察样品进行断层扫描和成像。因此，可以无损伤的观察和分析细胞的三维空间结构。
同时，通过激光扫描共聚焦显微镜也是活细胞的动态观察、多重免疫荧光标记和离子荧光标记观察的有力工具.精确地对光谱的本质进行分析，区分发射光谱高度重叠的不同标记的信号。
最重要的是，对于多色的荧光染色，它能彻底消除了荧光串色的影响，同时最大限度的减少了样品荧光信号的损失。这些都是一般光镜所不能达到的。
激光共聚焦显微镜是在在荧光显微镜成象的基础上加装激光扫描装置，使用紫外光或可见光激发荧光探针。主要应用在生物领域及医学研究中，能得到细胞或组织内部微细结构的荧光图像，在亚细胞水平上观察诸如Ca2+ 、PH值，膜电位等生理信号及细胞形态的变化，是形态学，分子生物学，神经科学，药理学，遗传学等领域中新一代强有力的研究工具。
还有一种区别于生物学领域的激光共聚焦显微镜。它是以共聚焦技术为原理，是用于对各种精密器件及材料表面进行微纳米级测量的检测仪器。
基于转盘共聚焦光学系统，在材料生产检测领域中能对各种产品、部件和材料表面的面形轮廓、表面缺陷、磨损情况、腐蚀情况、平面度、粗糙度、波纹度、孔隙间隙、台阶高度、弯曲变形情况、加工情况等表面形貌特征进行测量和分析。
激光共聚焦显微镜是在在荧光显微镜成象的基础上加装激光扫描装置，使用紫外光或可见光激发荧光探针。主要应用在生物领域及医学研究中，能得到细胞或组织内部微细结构的荧光图像，在亚细胞水平上观察诸如Ca2+ 、PH值，膜电位等生理信号及细胞形态的变化，是形态学，分子生物学，神经科学，药理学，遗传学等领域中新一代强有力的研究工具。
还有一种区别于生物学领域的激光共聚焦显微镜。它是以共聚焦技术为原理，是用于对各种精密器件及材料表面进行微纳米级测量的检测仪器。
基于转盘共聚焦光学系统，在材料生产检测领域中能对各种产品、部件和材料表面的面形轮廓、表面缺陷、磨损情况、腐蚀情况、平面度、粗糙度、波纹度、孔隙间隙、台阶高度、弯曲变形情况、加工情况等表面形貌特征进行测量和分析。