建文帝的正妻马氏，马皇后在宫中自焚，后来被追封为“孝愍让皇后”；建文帝的长子名叫朱文奎，跟着建文帝失踪了；次子朱文圭被囚禁50多年，被复辟的明英宗放出来。
一、马皇后自焚
作为皇帝建文帝自然有很多的妻子，不过大部分的妃子就像电影里的龙套角色，没有什么作为，于是在历史中也就没有关于她们的记载。
而建文帝的正妻，也就是皇后，在朱棣带兵攻打进入皇宫之后。马皇后找不到建文帝了，不知道建文帝是独自逃跑，还是被害了。不过这都不重要，马皇后自知朱棣胜利后，不会善待自己这个皇后重要人物。
她不愿意面对朱棣的欺辱，于是在宫中自焚而死。
二、长子朱文奎失踪
建文帝的长子朱文奎和他父亲一样，都失踪了。无法考证是和父亲一起失踪的，还是在混乱中独自逃跑了。朱棣带兵占领皇宫之后，派人四处查找皇室人员，始终无法找到建文帝和他的长子朱文奎。
三、次子朱文圭被囚
在朱棣占领皇宫之后，只找到了建文帝的次子朱文圭。此时的朱文圭只有2岁，一来无法独自逃跑。而来也可能是建文帝逃跑时觉得带一个孩子，不方便行动，故而不得不放弃最小的孩子。
虽然朱文圭只有2岁，但是其终究是皇室人员，留着是个隐患，杀了却又难免令人觉得朱棣过于残暴。于是最终将朱文圭囚禁。
这一囚禁，就是囚了50多年，直到明英宗时期才被放了出来。可怜的一个孩子，只因为生在皇室中，就令其一生如牲畜般锁在牢中不见天日。
朱棣是一个心狠手辣之人，当然没有善待朱允炆的妻儿。
话说朱元璋死后第二年，朱棣便以“清君侧”为名，率领部队攻打京城，论打仗，朱允炆怎么是朱棣的对手？很快朱棣就击败了朝廷的大军，然后打进了京城。然而，当朱棣进入京城后，却没有看到朱允炆，对于朱允炆的去向，时至今日依然没有定论。那么，建文帝朱允炆失踪后，明成祖朱棣是怎样对待他的妻儿的？
首先是建文帝的皇后，她也姓马，与朱元璋的妻子马秀英是老乡，这个马皇后与建文帝关系也非常和睦，不过，朱棣进城时，马皇后听说建文帝失踪了，以为建文帝已经遇害，于是在宫中自焚身亡，后被追封为“孝愍让皇后”。
再说建文帝的长子朱文奎，他是马皇后为建文帝生的儿子，三岁的时候就被立为太子。当朱棣打进京城后，也没有发现朱文奎的下落。也就是说，朱文奎与他的父亲朱允炆一样不知去向。
再是建文帝的次子朱文圭，他也是马皇后为建文帝生的孩子，也深得建文帝和马皇后的宠爱。明成祖朱棣造反时，朱文圭只有两岁，朱棣进城后，马上让人在宫中四处搜寻，最终找到了朱文圭的下落。虽然朱文圭只是一个两岁的孩子，对朱棣没有任何威胁，不过，朱棣也明白“斩草要除根”的道理，他并不愿意放过朱文圭，于是他将其囚禁在了安徽凤阳的宫殿中。
就这样，朱文圭在宫殿中生活了长达五十多年，直到明英宗时期，朱文圭才被释放出来。也就是说，明英宗之前的三代皇帝都没有释放朱文圭，据说后来朱文圭被释放出来时，甚至连牛羊都不认识，可以说是相当的悲剧。
总的来说，建文帝失踪后，明成祖朱棣并没有善待他的妻儿。
“靖难之役”结束、南京沦陷后，建文帝纵火焚烧皇宫，然后冒充僧人出逃，此后再无下落。建文帝离奇失踪后，妻子马皇后和两位皇子朱文奎、朱文圭的命运，顿时成为世人关注的焦点。那么问题来了，朱棣如何对待自己的侄媳、侄孙？
建文帝朱允炆画像
马皇后本名不详，是光禄少卿马全之女，洪武二十八年（1395年）入宫，并被册封为皇太孙妃，次年便生下长子朱文奎。洪武三十一年（1398年），朱允炆登基为帝，马氏被册立为皇后，3年后诞下皇次子朱文圭。按照正史的记载，南京陷落后，马皇后未能跟随建文帝出逃，而是自焚于皇宫之中，终年25岁。
和简太子朱文奎，是建文帝与马皇后的长子，生于洪武二十九年（1396年），建文元年（1399年）被册立为太子，当时才只有4岁。史书中对朱文奎生平的记载极为简略，而对于他的结局也莫衷一是，有死于乱军说、自焚而死说和随其父逃亡说，但无论哪种说法都因为缺少足够的证据，而无法令世人信服。
明成祖朱棣剧照
除朱文奎外，建文帝尚有一子名朱文圭，当时只有3岁。对于这位侄孙，朱棣本想一杀了之，但考虑到如果这样做的话，必然会招致舆论的谴责，从而会破坏其努力塑造的“仁慈君主”形象。因此，在斟酌再三后，朱棣并没有杀死朱文圭，而是将他送到中都凤阳圈禁。此后，朱文圭在四面全都是墙壁、与世人毫无交流的环境下度过了55年时光，渐渐地变成了一个白痴。
朱文圭被囚禁55年
然而，正当世人都渐渐遗忘朱文圭时，明英宗的一纸诏令，却让朱文圭重获自由，时在天顺元年（1457年）。不仅如此，明英宗还允许朱文圭在凤阳定居，并在当地自由出入、婚娶。由于惊喜来得过于突然，老迈多病的朱文圭难以自持，在获释后不久便撒手人寰，终年58岁。
本回答被网友采纳建文帝朱允炆是明朝第二位皇帝，他即位后，因削藩引起了靖难之役，最后兵败，生死不明，成为千古疑案，他的叔叔燕王朱棣通过靖难之役夺得皇位，他是如何对待建文帝的妻儿的呢？
建文帝的妻子为马氏，名恩慧，他的父亲为光禄少卿马全，她虽姓马但是与朱元璋的皇后马大脚没有任何关系，只是同姓。
马氏在洪武二十七年嫁给了朱允炆，洪武二十八年被册封为皇太孙妃，次年为朱允炆生下一儿子，名朱文奎，朱允炆即位后，马氏被册封为皇后。建文三年，马皇后又为朱允炆生下一个儿子，名朱文圭。
朱棣攻下南京后，朱允炆不知所踪，马皇后自焚而死，后被追谥为：孝愍温贞哲睿肃烈襄天弼圣让皇后。
朱文奎是建文帝朱允炆长子，他生于南京，出生那天是洪武二十九年十月晦日，即十月的最后一天，当天阴天，一天不见太阳，晚上由于是月末，又没有月亮，因此朱元璋很不高兴，并说了一句话，“日月皆终，大凶之象”。
建文元年，朱文奎被立为皇太子。建文四年，朱棣攻入南京之后，与他的父亲朱允炆一起失踪，当时，他年仅七岁。南明时期，明安宗朱由崧为朱文奎上谥号恭愍太子，明绍宗朱聿键又上谥号和简太子。
朱文圭是朱允炆的次子，朱棣攻入南京时，他年仅二岁，后被成祖长期幽禁于中都凤阳的广安宫，并称之为“建庶人”。
明英宗通过夺门之变复辟后，对同样被幽禁的朱文圭动了恻隐之心，不忍心再囚禁朱文圭，奏请太后将其放出，英宗身边的人担心放出朱文圭会出变故，但明英宗表示“有天命者，任自为之”。
英宗还在凤阳为朱文圭修建房屋，任其自由出入，给朱文圭娶妻，并派人照顾朱文圭生活起居。朱文圭感激涕零。朱文圭被放出时已经五十六、七岁了，由于他自小便受到囚禁而无法和外界接触，所以被释放时连牛马都不认识，没过多久就死去。
南明年间，朱文圭被追谥为润怀王或原怀王。
建文帝朱允炆失踪后，他的叔叔燕王朱棣将妻儿老小囚禁，他的小儿子从两岁开始就被囚禁起来，这一关就是50多年，等他被放出来的，他不辨牛马，不久之后就去世，真是惨不忍睹，令人不禁落泪，比杀了还狠呀！
靖难之役，燕王朱棣攻入南京的皇宫，在混乱中起了大火，在大火被扑灭后，发现了几具烧焦的身体。朱棣找人辨认，据太监说据它们是皇帝、皇后和他的长子朱文奎的尸体。当然，这就是明朝官方的说法，也只能说皇帝及其长子已死于难中；否则，燕王就不可能名正言顺地称帝了。更多人的相信建文帝朱允炆趁机扮成和尚逃走了，总之，建文帝朱允炆成了失踪人口。
建文帝当了4年皇帝，他的妃嫔可能不少，但都没有什么史书记载，只有他的马皇后随其一起死在了大火中。他的其他妃嫔多半，在他失踪后，被朱棣给遣散回家了。建文帝朱允炆还有两个儿子，长子随他们一起葬身火海。这是官方说法，有可能一起与父母逃出生天。
他还有小儿子叫朱文奎，在建文帝朱允炆失踪的时候，他还不到2岁。燕王朱棣可能认为他太小没有威胁，没有对他下狠手，将他囚禁在凤阳，过着暗无天日的生活，被称为“建庶人”。直到明英宗夺门之变之后，对同样被囚禁的“建庶人”产生怜悯之心，将其放出来了，为其娶妻生子。此时，朱文奎已经被关了50多年，一天天被圈养，如猪马牛羊一样，过着悲惨的生活，还要提心吊胆，担心被杀的命运。他一直被关在小院里，一关就是50多年，从没有出去过，完全与社会脱节，等他被放出来的时候，不辨牛马。他被放出来不久之后，就去世了。
胜者为王，败者为寇。自古帝王多无情，朱棣是一个与朱元璋一样铁血帝王，在建文帝失踪后，对让的妻儿老小是毫不留情，最可怜的还是建文帝的小儿子朱文奎，生不如死，还不如一死了之！