港澳通行证和商务签证的区别如下：
1、概念不同
港澳通行证是大陆居民前往台湾地区定居、探亲或应邀参加经济、科技、文化、教育、学术等活动，向户口所在地的市、县公安机关出入境管理部门提出申请，凭公安出入境管理部门签发的；
而商务签证是去目的地国商务考察者办理商务签证后在该国只能作短期逗留，考察人员应该在签证固定的时间内离开该国家。
2、签发地不同
港澳通行证是由中华人民共和国公安部出入境管理局签发给中国内地居民因私往来香港或澳门地区旅游、探亲、从事商务、培训、就业、留学等非公务活动的旅行证件；
而商务签证是有关人员因公务或者个人原因去目的地国家从事投资、贸易、会议、展览、劳务等方面事务所进行的实地考察或洽谈。这类人员进入目的地国时需持商务访问签证。
3、要求不同
港澳通行证内地居民前往香港或澳门特别行政区定居，向户口所在地的市、县公安出入境管理部门提出申请。凭公安出入境管理部门签发的前往港澳通行证前往。
前往香港特别行政区定居的，持证人须于罗湖口岸、深圳湾口岸、蛇口码头口岸（乘船）、福田口岸出境；前往澳门特别行政区定居的，持证人须于珠海拱北口岸出境。
商务签证部分国家移民局要求赴本国考察、访问人员必须身体健康、无刑事犯罪记录，对该国的国家安全不会构成威胁。
参考资料来源：百度百科-商务签证
参考资料来源：百度百科-中华人民共和国往来港澳通行证
“港澳通行证”和“商务签证”的区别是什么：
商务签注只允许下列人员申请：
(1)受单位派遣赴香港或者澳门商务。
“单位”是指：经国家工商管理部门登记注册，具有独立法人资格的企业及其分支机构，或者在国家税务部门办理了税务登记且有生产经营的单位以及境处企业常驻内地代表机构。申请3个月或者1年多次商务签注，所在单位须事先向所在地公安机关出入境管理部门登记备案。各地根据本地实际情况制定登记备案的具体办法和审批条件，并对外公布。
个休工商户经营者赴香港或者澳门商务。
在国际组织驻华机构，外国驻华使、领馆，外国企业、新闻机构等驻华办事处(以下简称驻华机构)工作的内地居民和定居国外的中国公民。上述人员受单位派遣赴香港、澳门从事商务活动。
当你去外国时，要先办理中国护照，然后国外使馆要给你颁发签证，你才被许可进入别的国家
如果你是大陆居民要去港澳，基于他们的特别行政区地位，你需要先办理个港澳通行证（类比于护照）。然后再签发去港澳的签注（类比于签证）。
所以只有通行证本身是没有用的，还需要按次办理签注。就像出国不仅要有护照还要别的国家的签证。
护照／港澳通行证只是身份证明
签证／签注才是出入许可。
如果你是外地户口，就建议你办理商务类签注。
你是深圳户口，毫无疑问，肯定建议你办理个人签注了普通港澳通行证券。
因为深圳户口，也可以办理一年多次有效的普通港澳通行证券。
办理商务签注手续繁琐，而且需要的证明资料很多。
同时，商务签注一般员工只能办理一次有效的签注。
如果你非要问两类签注，有什么分别的话，那只能跟你说，商务签注手续繁琐，而普通港澳通行证券就非常简便。其他都一样。
普通港澳通行证券就是为了方便一般市民而设置的。
澳通行证(全称：中华人民共和国往来港澳通行证)俗称双程证，是由中华人民共和国公安部出入境管理局签发给中国内地居民因私往来香港或澳门地区旅游、探亲、从事商务、培训、就业、留学等非公务活动的旅行证件。
商务签证主要指有关人员因公务或者个人原因去目的地国家从事投资、贸易、会议、展览、劳务等方面事务所进行的实地考察或洽谈。这类人员进入目的地国时需持商务访问签证。
去目的地国商务考察者办理商务签证后在该国只能作短期逗留，考察人员应该在签证固定的时间内离开该国家。此外，部分国家移民局要求赴本国考察、访问人员必须身体健康、无刑事犯罪记录，对该国的国家安全不会构成威胁。商务签证的申请人在提出申请时，需要有足够的商务理由，来证明他去某国访问是真实的，没有任何不良意图。签证官一般需要这类签证的申请人提供足够的证据，证明他去某国确实有商务的需要。因此，一封来自某国的邀请函，是最基本的一份文件。
时间：20个工作日
付款方式：出证付款，省心放心
所需资料如下;
护照办理资料 ：护照原件和照片2张大2寸
通行证办理资料：通行证原件、身份证扫描件、户口本全家页扫描件、通行证蓝底相片2寸电子档+回执、居住证照片、生活照半身以上两张。
要求：无犯罪记录＼关口无黑名单（如每次都7天出境会被列入黑名单，不可以在办理商务证）＼无在别的地方注册过
（以前办理过商务证时间还没有超出一年）＼不是公务员。如因以上原因办不出，定金不退。无以上记录基本都是100％