提交了治疗工伤医疗机构休养证明的，按自动离职处理违法。
根据《工伤保险条例》第三十三条和各地规定，工伤停工留薪期，即停止工作治疗工伤期间，包括住院治疗和出院后休养期间，按遭受事故伤害前正常上班期间工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。停工留薪期凭职工就诊的签订服务协议的医疗机构，或者签订服务协议的工伤康复机构根据职工伤情出具的休假证明，由用人单位按当地劳动部门《工伤职工停工留薪期分类目录》确定。停工留薪期超过12个月或者有争议的，需经设区的市劳动能力鉴定委员会确认。设区的市劳动能力鉴定委员会确认的停工留薪期结论为最终结论。
职工遭受工伤事故伤害，停工休养的，向用人单位提交了治疗工伤医疗机构书面休养证明的，用人单位按自动离职处理违法。但是，没有提交休养证明的，用人单位应当停止提交休养证明，经通知依然没有提交休养证明不出勤的，用人单位可以按旷工处理，达到用人单位依法制定的规章制度规定的天数，可以解除合同。
《工伤保险条例》
第三十三条 职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
停工留薪期一般不超过12个月。伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。工伤职工评定伤残等级后，停发原待遇，按照本章的有关规定享受伤残待遇。工伤职工在停工留薪期满后仍需治疗的，继续享受工伤医疗待遇。
生活不能自理的工伤职工在停工留薪期需要护理的，由所在单位负责。
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