你首先应当确定是应为证据不足不起诉，如果是不起诉，那么检察院会给你一份不起诉决定书，最后会写明不起诉原因。
如果是证据不足不起诉，那么按照《国家赔偿法》第十七条 行使侦查、检察、审判职权的机关以及看守所、监狱管理机关及其工作人员在行使职权时有下列侵犯人身权情形之一的，受害人有取得赔偿的权利：……对公民采取逮捕措施后，决定撤销案件、不起诉或者判决宣告无罪终止追究刑事责任的；可以申请赔偿。
对公民采取逮捕措施后决定撤销案件、不起诉或者判决宣告无罪的，作出逮捕决定的机关为赔偿义务机关。相关的程序可以看一下国家赔偿法。
注意以下情形是不赔偿的：
（1）因公民自己故意作虚伪供述，或者伪造其他有罪证据被羁押或者被判处刑罚的；
（2）依照刑法第十七条、第十八条规定不负刑事责任的人被羁押的；
（3）依照刑事诉讼法第十五条、第一百七十三条第二款、第二百七十三条第二款、第二百七十九条规定不追究刑事责任的人被羁押的；
（4）行使侦查、检察、审判职权的机关以及看守所、监狱管理机关的工作人员与行使职权无关的个人行为；
（5）因公民自伤、自残等故意行为致使损害发生的；
（6）法律规定的其他情形。