并不存在一定哪个好，要具体学科具体分析。
北大的文理基础学科好（理科生可以报名的，比如数学、化学，还有社会科学像是政治学之类的），清华是应用学科好（比如工科、应用类理科）。历史原因是曾经有过院系合并，清华的文理基础学科给了北大、北大的应用学科给了清华，改革开放后重新变为综合性大学，但目前还是有一些差距。不过，差距其实在缩小，而且两校的交流是很多的，例如我上学时北大哲学系的老师后来就有去清华的，北大的学生去清华读硕博的也很多，反之亦然，所以不用太纠结（不过你要念工科一定要去清华，北大只有一个综合的工学院，实力不济，清华的工科分的比较细，实力更强）。当然，如果你有明确的目标的话，你可以去两个学校你喜欢的院系网站上看一下，有没有比较有名的教授、你喜欢的专业之类的，毕竟两个学校的专业设置其实还是挺不一样的。
如果一定要看的话，我倒是建议你可以选择学风：清华比较严谨、北大比较自由（打个比方来说，和我同年级的清华的同学每次团会必须去，北大的要求就很松散，等等），你比较喜欢哪个学风。
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