长安古城墙
朱元璋在铲除了陈友谅、张士诚等几个强有力的竞争对手后，于1368年正月在南京称帝，号大明。
明军乘胜追击，1369年九月，将元朝皇帝赶出大都，长城以内重新回归汉人统治。江山稳固了，于是，朱元璋召集群臣商议定都之事。按照历代皇帝建都的惯例以及朱元璋个人的想法，以下地方：长安、洛阳、开封、北平、凤阳等是主要的选择地。经过刘基及众臣反复论证，最终确定建都南京。
明太祖朱元璋
长安作为十三朝古都，是周、秦、汉、唐等几个兴盛王朝的都城。朱元璋为何没有选择在这里？翻阅一下历史，我们就能看出，朱元璋原来很想建都长安，只是后来才彻底改变了这个想法。
长安所处的关中地区土地肥沃，这里四季风调雨顺，极其有利于粮食作物生长，但关中地区面积狭小，很难提供一个庞大的明帝国都城的粮食供应。唐代，依靠漕运和东都洛阳，勉强维持长安的首都地位。宋朝人口增长很快，长安再也维持不住都城地位了。江南地区地势偏低，沿渭水逆流而上，漕运难度大。因此，从客观上建都长安不现实。
漕运
大明王朝建立后，仍面临来自北方北元势力的威胁，为了维护北方地区政权统治，朱元璋把自己几个年长的儿子分封在长城沿线，西安的秦王朱樉、太原的晋王朱棡、北平的燕王朱棣、大宁的宁王朱权。其中，秦王朱樉处在受蒙古人威胁最大的西北屏障。
洪武二年（1369年），长安的宫殿开始规划和大面积施工，到洪武十一年（1378年），朱樉就藩长安时才基本结束。朱樉是嫡次子，深受朱元璋的喜爱，他在朱姓诸王中最年长，建藩最早。把他放在长安，也可以看出朱元璋对长安的重视程度。
南京
洪武二十四年（1391年），朱元璋以朱樉过失太多为由，将其召回京城，而命皇太子朱标巡视关中长安，主要考察建都事宜。朱标返回之后不久因病不治而亡。洪武二十五年（1392年）朱樉返回藩地，三年后也死了。长安成了朱元璋的伤心地，建都长安之事永久搁置下来。