距主角团线约五万年前，人类与“律者”的斗争激烈。在第十四律者之战中，人类以失败告终。为了帮助未来人类，逐火之蛾提出四大计划：恒沙计划、火种计划、方舟计划与圣痕计划。符华负责执行“火种计划”，为时代人类灌输科技对抗崩坏。然而，知识传输过于超前，导致强大崩坏兽出现，并导致仓玄、丹朱牺牲。符华决定不再传递超越时代的知识。
时光流转，直到1470年，天命势力支配欧洲，后东征华夏。符华上仙亲自出马，扭转局势，秒杀天命最强战力卡莲·卡斯兰娜。这是符华与卡莲、奥托的初次见面，也奠定了后续崩坏故事的基础。两年后，卡莲发现天命的丑恶，携带封印侵蚀律者盒子叛逃。为了彻底封印盒子，她前往神州寻求仙人帮助。此时，符华遭遇变故，被放火烧山，未能找到仙人，转而前往日本。
卡莲在前往日本的途中被打落，幸得八重樱救起。此时，侵蚀律者盒子裂开，卡莲在与自责与仇恨的斗争中封印了被侵蚀的八重樱。随后，天命带走身负重伤的卡莲。故事进展至此，卡莲选择接受绞刑，奥托放崩坏兽救她，但卡莲选择与人民站在一起，最终牺牲。奥托试图复活卡莲，寻找仙人未果。
时间转至1953年，第一次崩坏爆发于柏林，天命北美支部独立成立逆熵。2000年，第二次崩坏因天命西伯利亚实验引发，导致第二次崩坏与西琳计划的产生，主角琪亚娜由此诞生。齐格飞与德丽莎叛逃，培养女武神，圣芙蕾雅学园建立。琪亚娜踏上了寻找齐格飞之路，与律者雷电芽衣相遇，三人组成立。在战斗中，琪亚娜保护芽衣受伤，芽衣觉醒力量，引来了姬子。最终，芽衣得以恢复，留在圣芙蕾雅学园。
圣芙蕾雅学园中遇见天命卧底符华，后故事发展至游戏内剧情。凯文的目的是消灭崩坏，奥托试图利用律者复活卡莲，逆熵为守护人类而战。以上是崩坏三主线剧情概要，时间久远可能导致信息不全或有误，敬请谅解。
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