重庆市南川区国家税务局设有多个内设机构，分别负责不同的税务管理工作。
办公室负责拟订单位年度工作计划、文电、会务、档案、督办、信访、保密、密码、政务公开、网站运行和维护、行政事务等综合性事务。同时，还负责办理人大代表议案、建议和政协委员提案的有关事项。
政策法规科负责拟订并组织实施依法行政、依法治税工作方案，组织协调涉及多税种、综合性税收政策的落实工作。此外，还承担机关有关规范性文件的合法性审核工作，并定期进行清理、评估和反馈。该科室还办理涉及多税种、综合性税收政策文件的会办工作，牵头重大税收案件审理及规范税务行政审批工作，并处理行政复议、赔偿案件及行政诉讼案件。该科室还负责组织反补贴案件的应对工作。
货物和劳务税科主要负责增值税、消费税、车辆购置税的征收管理工作，制定具体的实施办法，对有关税种的具体业务问题进行解释和处理，组织实施有关税种的纳税评估、税源管理等工作。此外，还管理增值税专用发票和车辆购置税票证，并指导有关税种的日常管理、日常检查，参与有关税种的纳税辅导、咨询服务、税收法律救济工作。同时，组织实施进出口贸易税收管理工作，制定税收管理具体实施办法，承担出口货物退免税的审核审批、年终清算工作，组织进出口税收政策执行情况的日常监督检查，并配合有关部门开展反骗税工作。
所得税科主要负责企业所得税、储蓄存款利息所得税和法律法规规定的基金（费）等征收管理工作。制定具体的实施办法，对有关税种的具体业务问题进行解释和处理，组织实施有关税种的纳税评估、税源管理、税基管理、汇算清缴等工作。此外，还指导有关税种的日常管理、日常检查，并参与有关税种的纳税辅导、咨询服务、税收法律救济工作。承担对大型企业提供纳税服务工作，对大型企业的税源管理、纳税评估和日常检查工作进行组织。
收入核算与财务科负责牵头编制年度税收计划、出口退（免）税计划，分配下达年度免抵调库计划，并监督税款缴、退库情况。同时，开展税收收入分析预测、税收收入能力估算及重点税源监控、企业税收资料调查工作，承担税收会计核算、统计核算、税收票证管理等相关工作，管理税收收入数据的综合管理应用工作。此外，还组织实施会计核算、会计基础规范工作，分析考核征税成本，组织实施国库集中支付工作，办理具体支付事项，承担本系统基本建设、资产管理、政府采购、着装管理工作，管理机关财务，并组织实施财务管理、基本建设项目、大宗物品采购审计和领导干部经济责任审计工作。
纳税服务科（纳税服务中心）负责组织、协调和指导本单位各部门、各税种、各环节的纳税服务工作，组织实施纳税服务工作规范和操作规程。此外，还组织落实纳税人权益保障规章制度及规范性文件，组织协调、实施纳税辅导、咨询服务、税收法律救济等工作，受理纳税人投诉，指导税收争议的调解，并承担网站纳税服务栏目、短信系统等纳税服务支持系统的运行管理工作。
征收管理科负责组织落实综合性税收征管法律法规、部门规章及规范性文件，拟订具体操作办法。此外，还组织实施综合性纳税评估办法，承担征管质量考核、风险管理和税收收入征管因素分析工作。同时，还负责税务登记、纳税申报、普通发票管理、税控器具推广应用等方面的工作，并组织落实个体和集贸市场税收征管、税收管理员制度。
人事教育科负责组织落实干部人事管理制度及税务人才队伍建设规划，拟订具体实施方案。此外，还承担人事、机构编制和公务员管理工作，负责工资、人事档案、专业技术职务管理等工作，承担下一级领导干部和后备干部的管理、考核及监督工作，并监督检查本单位执行干部人事规章制度情况。同时，还负责组织实施人员培训、学历教育管理制度、工作规划、年度计划，开展培训质量考核与评估。此外，还负责本单位党群工作，承担入党积极分子的教育培训考察工作及发展党员工作，并指导本单位党建、工会、共青团、妇委会工作。最后，还承担本单位离退休干部的服务和管理工作。
监察室负责组织落实纪律检查、行政监察工作制度，拟订具体实施办法。此外，还监督检查本单位人员贯彻执行党的路线方针政策和遵守国家法律法规、部门规章情况，监督检查本单位各级领导班子及其成员贯彻民主集中制、选拔任用干部、贯彻党风廉政责任制和廉政勤政的情况。此外，还组织协调本单位的党风廉政建设和反腐败工作，受理对本系统单位工作人员违法违纪行为的检举、控告及有关申诉，并查处本系统单位工作人员违法违纪案件及其他重要案件。同时，还开展执法监察和纠风工作。
重庆市南川区国家税务局设9个内设机构、1个直属机构、2个事业单位、7个派驻机构。