一、相同：政府审计主要是对政府投资占主体的项目审计，还有就是经济责任审计，同级审计（对地税和财政部门的审计），其他的如稳增长审计，保障性安居工程审计，医保资金审计等。
二、不同点：审计目标不同，收入来源不同。
1、审计目标不同：
政府审计是对政府机构的财政财务收支情况进行审计工作，而民间审计是注册会计师对企业每年的财务报表是否按照适用的会计准则和相关的会计制度编制进行的审计工作。
2、收入来源不同：
政府审计所需要的经费由财政支付，不需要被审计单位提供，因此政府审计工作的独立性很强，有很强的参考价值。而民间审计是由注册会计师事务所来完成的，注册会计师事务所作为一个企业，其收入理所当然来源于被审计单位。
制约具体内容
民间审计目标是审计工作的基本服务方向，代表着社会利益集团要求的基本方向，直接反映社会经济环境的变化。审计目标又是由不同层次、不同系列的目标所构成的一个网络体系，在审计模式诸内容中，占有举足轻重的地位。民间审计的一切内容，如审计管理体制、审计准则的制定与实施、信息披露、审计报告制度、监督体系等都必须围绕审计目标而协调的发挥作用。
以上内容参考：百度百科-民间审计
两者区别：
第一，审计工作的目标不同。政府审计是对政府机构的财政财务收支情况进行审计工作，而民间审计是注册会计师对企业每年的财务报表是否按照适用的会计准则和相关的会计制度编制进行的审计工作。
第二，二者所采用的审计标准不同。政府审计是审计机关依据《中华人民共和国审计法》和《国家审计准则》等进行的审计，而民间审计是注册会计师依据《中华人民共和国注册会计师法》和中国注册会计师审计准则进行的审计工作。我个人认为，这点尤其重要，需要相关审计人员清楚相关的法规，因为不同的法规对某一事物的认定可能存在明显差距，如果在审计工作中错用了相关法规，会严重影响审计工作的效果。
第三，二者的经费、收入来源不同。政府审计所需要的经费由财政支付，不需要被审计单位提供，因此政府审计工作的独立性很强，有很强的参考价值。而民间审计是由注册会计师事务所来完成的，注册会计师事务所作为一个企业，其收入理所当然来源于被审计单位，因此在审计工作中相对来说独立性可能没那么强，但是可以作为政府审计工作的参考资料。
第四，取证权限不同。国家审计机关有权就审计事项的有关问题向有关单位和个人进行调查，并取得有关证明材料，有关单位和个人应当支持、协助审计机关工作，如实向审计机关反映情况，提供有关证明材料，也就是说政府审计具有行政强制力。与此形成鲜明对比的是，注册会计师在获取证据时很大程度上有赖于被审计单位及相关单位的配合和协助，对被审计单位及相关单位没有行政强制力。
第五，对发现问题的处理方式不同。政府审计人员不仅要出具审计意见书，而且对相关违规行为要做出在审计决定或者向有关主管机关提出处理、处罚意见。但是注册会计师对审计过程中发现需要调整和披露的事项只能提请被审计单位调整和披露，没有行政强制力，如果被审计单位拒绝调整和披露，注册会计师可以出具保留意见或否定意见的审计报告。考虑到审计范围可能受到被审计单位或客观环境的限制，注册会计师还可以出具保留意见或无法表示意见的审计报告。