第一个是“阖宫自焚”说。很多的史料记载以及正统的官修史书都采用这个说法。《太宗实录》中记载，燕王进入金川门后，建文帝也想出来迎接燕王，然而又自叹道：“我何面目相见耶！”于是与皇后一起闭宫自焚，他的嫔妃们也大多投火而死，一片惨烈景象。朱棣看到宫中火起，急忙命人前来抢救，从灰烬中找到一具烧焦且面目全非的尸体，朱棣虽然怀疑尸体的真假，但也没有其它的办法，只得在即位后，以天子之礼安葬了这具尸体。但是，这种说法在正史的记载中前后矛盾。就连后来的明朝皇帝也不完全相信这种说法。比如史书中记载说朱棣以天子之礼安葬了那具尸体，但葬在何处却没有记载；被烧焦的尸体分不清男女，有人怀疑是皇后，到底是谁，谁也说不清楚；朱棣为了不留下“杀侄夺位”的骂名，在发现那具烧焦的尸体时痛哭流涕，声称自己出兵只是为了“清君侧”，并不是为了当皇帝。但后来他却又多方苦心寻找朱允文的下落，前后矛盾，不得不让人怀疑。
第二个是“出亡为僧”说。万历二年十月，2岁的神宗曾向首辅张居正问及建文帝下落一事，张居正回答：“国史不载此事，但先朝故者相传，言建文皇帝当靖难师入城，即削发披缁，从间道走出，后云游四方，人无知者。”可见首辅张居正也倾向于建文帝出亡之说。关于建文帝出亡一事，谷应泰《明史纪事本末》中的记载最具有代表性。他认为建文帝并为自焚，而是在大臣的保护下由密道逃出南京。这种说法认为：朱棣陈兵南京城外时，朱允炆本想求和，但是朱棣没有答应。朱允文知道破城后，不但会受辱，还难免一死，于是就想自杀，被身边人拦住了。这时一个老太监告诉他说：“太祖临驾崩时，留下一个铁箱子，秘密收藏在奉先殿内，让我在您将临大难时交给您。”朱允炆一听，急忙命人抬出箱子，打开一看，原来是三张上面写好了三个名字的度牒，还有三件僧衣、一把剃刀和遗书一封。按照遗书所示，朱允炆剃了头，换上僧衣，带着九个人来到太平门内的鬼门。鬼门是内城的一扇小门，仅容一人出入，外通水道。朱允炆一行出了鬼门，只见水道上停着一只小船，船上站着一位老僧，老僧向朱允炆叩首称万岁，快速带他们君臣一行上船。于是建文帝便削发为僧，像朱元璋当年一样，当和尚云游四方去了。
朱允炆失踪后，急坏了刚即位的朱棣，他在有生之年不断派人四处寻找，后来的郑和下西洋就有寻找朱允文的目的。他还专门派户科给事中胡分在穷山僻壤、市井城镇搜寻了6年之久。
那么，既然建文帝有可能逊国出亡，他又去了哪里呢？综合各种资料，有如下几种说法：
一是逊国为僧，云游四方。正如《明史纪事本末》记载，建文帝从南京逃出后，带着杨应能、叶希贤、程济一行，隐名易服，云游天下。学者根据地方志、遗迹、遗址等资料考证，认为建文帝曾流亡于云南、贵州、四川、湖北、江浙、广东等地，留有很多有关建文帝的遗址和传说。一些书中还记载有建文帝的诗文，虽然无法判断是否是后人假托，但还是有些符合建文帝身份的。下面这首诗据说是建文帝避难贵州金竺（今贵州广顺）时所作： 风尘一夕忽南侵，天命潜移四海心。 凤返丹山红日远，龙归沧海碧云深。 紫微有象星还拱，玉漏无声水自沉。 遥想禁城今夜月，六宫犹望翠华临。
二是漂洋出海，不知所终。有传言建文帝泛舟出海，去了南洋，并在某个小岛上过着自食其力的恬然隐居生活。当时中国去往南洋的人很多，据说张士诚失败后，他的一些部下就逃往南洋，拓荒移民。近人有人考证建文帝避难泉州开元寺，并在开元寺扬帆出海，最终隐居印尼苏门答腊岛东海岸，然而没有更多的证据，仅仅是猜测而已。 成祖朱棣担心建文帝纠集当地的中国人，或者是以宗主的身份号召南洋诸国兴兵，因此很不放心，特意派遣郑和数下西洋，一为宣扬国威，一为踪迹建文帝。据《明史》载：“成祖疑惠帝亡海外，欲踪迹之，且欲耀兵异域，示中国富强。永乐三年六月，命和及其侪王景弘等通使西洋，将士卒二万七千八百余人，多赍金币。”在郑和的船队里，还有一部分是锦衣卫，专门负责侦缉，至于是否探知建文帝踪迹，就不得而知了。
三是北京西山说。谷应泰《明史纪事本末》和郑晓《吾学篇》中，记载有正统七年，建文帝因年纪已老，就到广西思恩州官府，自称是建文帝。当地官员急忙上报朝廷，将其送至京师。朝廷派老宦官吴亮前去辨认。建文帝一见到他就叫出了他的名字，吴亮否认。建文帝又说当年他进膳时，扔一片鹅肉到地上，吴亮像狗一样趴下去吃掉。吴亮听后伏地大哭，回去后就上吊死了。建文帝被迎入宫内，老死于宫中，葬于西山，不封不树。
四是江苏吴县说。胡分在民间秘访了6年之久，在朱棣临终前一年的一个晚上，忽听胡分求见，于是朱棣在卧室中单独如见胡，胡报告说已经访到建文帝，说他确实削发为僧了，躲藏在江苏吴县的普洛寺内，已经一心向佛，无意复位了。后来明英宗朱祁镇将已经老了的朱允文接到宫中养老。《文汇报》的记者徐作生亲自到江苏吴县去考察，发现了建文帝出亡时遗留下的一些遗迹、遗物，并结合文献资料，认为建文帝当年藏于吴县普济寺内，不多久姚广孝归隐禅寺，在姚广孝的监护下，建文帝隐藏于穹窿山皇驾庵，直到423年病殒于此，葬于庵后山坡上。这也自成一说。
五是四川望京寺说。有人则认为建文帝在四川平昌佛罗寺躲藏过，并病逝于此，葬于寺后山坡上。建文帝之所以选择佛罗寺，是喜欢这里偏僻难寻，不容易被发现。因他常常面向京城的方向暗自哭泣，后人就把佛罗寺改称望京寺。
六是自焚说。据永乐年间《实录》和《明史稿》的记载，建文帝继位后，即用兵部尚书齐泰和大常卿黄子澄谋，定策削藩。领兵在外、身为燕王的朱棣立即打着清君侧的旗号，起兵南下，发起“靖难之役”。不到四年，燕王即挥师渡过长江，兵临南京城下，建文帝求和不允，只好死守，但是他的主帅李景隆却打开金川门迎燕王大军入城，满朝文武纷纷投降。建文帝眼看大势已去，不得已下令焚宫，顿时火光熊熊，建文帝携皇后马氏，跳入火中自焚，妃嫔侍从等，大都亦随其蹈火而死。燕王朱棣入宫后，清宫三日，搜查建文帝下落。宫内侍人都说建文帝已自焚，并从火堆里扒出一具烧焦的尸体证明之。燕王见到尸体，分不清男女，惨不忍睹。其继位称帝后，只得以天子“礼葬建文皇帝”。《明史·成祖本纪》及《明史·方孝儒传》均持此说。
另外，近几年有人自称建文帝后人，献出《让氏家谱》，称建文帝通过地道逃离南京，假扮僧道，云游各地，后隐居于武昌，死后就葬在武昌洪山。笔者注意到金陵晚报的报道：南京有线电厂退休工程师让庆光老先生带着一本保藏多年的《让氏家谱》找到记者，翻开家谱，让先生告诉记者，建文帝当年并没有自焚死，而是逃出南京，改名让銮，在湖南湖北一带定居。世代繁衍生息，让庆光先生本人就是明建文帝的十五世孙。至于为什么建文帝出宫隐居民间后，改姓为“让”，更名为“銮”，让庆光解释说，建文帝认为自己是逊位退国让出江山的，所以改名“让銮”，是让出了皇位的意思。当然，这一说法还有待于进一步的考证。