卫健委有以下职能部门：办公室；人事处；规划发展与信息化处；财务处；法规处；医药卫生体制改革处；疾病预防控制处；医政医管处；基层卫生健康处；卫生应急办公室；科技教育与国际合作处；综合监督处；其他。
《中华人民共和国基本医疗卫生与健康促进法》第一条 为了发展医疗卫生与健康事业，保障公民享有基本医疗卫生服务，提高公民健康水平，推进健康中国建设，根据宪法，制定本法。 《中华人民共和国基本医疗卫生与健康促进法》第七条 国务院和地方各级人民政府领导医疗卫生与健康促进工作。 国务院卫生健康主管部门负责统筹协调全国医疗卫生与健康促进工作。国务院其他有关部门在各自职责范围内负责有关的医疗卫生与健康促进工作。 县级以上地方人民政府卫生健康主管部门负责统筹协调本行政区域医疗卫生与健康促进工作。县级以上地方人民政府其他有关部门在各自职责范围内负责有关的医疗卫生与健康促进工作。