法律分析：需要分情况看待，可以进行抵扣：
1、住宿费为员工出差，开票方为小规模纳税人，其增值税专用发票抵扣率为3%；
2、住宿费为员工出差，开票方为一般纳税人，其增值税专用发票抵扣率为6%；
不得进行抵扣：
1、住宿费为公司接待客户，开票方不论纳税人规模，即便认证相符也不得进行抵扣；
2、住宿费为公司组织员工旅游，开票方不论纳税人规模，即便认证相符也不得进行抵扣。
法律依据：《国家税务总局关于增值税发票管理等有关事项的公告》 五、增值税小规模纳税人（其他个人除外）发生增值税应税行为，需要开具增值税专用发票的，可以自愿使用增值税发票管理系统自行开具。选择自行开具增值税专用发票的小规模纳税人，税务机关不再为其代开增值税专用发票。
增值税小规模纳税人应当就开具增值税专用发票的销售额计算增值税应纳税额，并在规定的纳税申报期内向主管税务机关申报缴纳。在填写增值税纳税申报表时，应当将当期开具增值税专用发票的销售额，按照3%和5%的征收率，分别填写在《增值税纳税申报表》（小规模纳税人适用）第2栏和第5栏“税务机关代开的增值税专用发票不含税销售额”的“本期数”相应栏次中。