论文查重主要查摘要、正文内容、参考文献。
一、摘要：
一般情况下一篇论文主要包括：封面、扉页、原创性说明、摘要、英文摘要、图标及公式说明、论文正文、参考文献、附录、研究成果、致谢等。目前高校普遍利用知网查重，按照各个学院上交论文的顺序将论文批量上传至查重系统。
因此没有哪个老师都会对论文内容编辑都是整篇上传处理，也就是说你提交给学校的论文什么样学校就检测什么样。
二、正文内容：
1、论文初稿的查重率需要在30％以内。虽然初稿是论文的第一稿，但查重率仍需低于30％，以便更好地调整问题。大多数高校要求论文初稿的查重率在这个范围内，有的要求不到25％。
2、其次论文初稿是论文写作后的第一次论文查重。对于论文初稿的查重，有大量的重复内容，其中大部分是低级错误，如论文格式和标记样式。此外，论文初稿的查重必须是整个论文评估环节中论文查重率最高的部分，论文定稿的查重是整个论文评估中论文查重率较低的稿件。
3、最后由于社会上95％的论文用户会选择学校查重论文，因此了解论文查重点是非常必要的。必须注意论文查重环节的论文格式。将首先以格式识别上传的论文稿件，筛选出后期数据比较所需的内容，因此，正确的论文格式可以确保后期论文的查重结果真实可靠。
三、参考文献：
论文查重，在上传查重系统检测时，是全文上传的。通常论文查重也是全文内容都需要查重，但查重重点一般为论文正文内容，部分高校会明确规定只查重论文正文，对于这种情况，知网论文查重时仅需上传论文正文即可。
根据论文的章节分章之后，在各章节分别检测查重，得出章节查重率，以及全文查重率。章节区分一般以论文的目录为基准，论文的目录、参考文献、摘等内容都可以被论文查重系统所识别。
论文查重主要查以下几个内容：
论文正文：包括论文的摘要、正文、致谢等。
原创声明和版权声明：有些查重系统也会对这两部分内容进行检测。
参考文献：包括论文中引用的参考文献和脚注等。
表格和公式：有些查重系统会对表格和公式进行检测。
图片和图表：有些查重系统会对图片和图表进行检测。
需要注意的是，不同的查重系统可能会有不同的检测范围和检测规则，具体的检测内容需要以所使用的查重系统的规定为准。同时，不同的学校或机构对论文查重的要求也可能不同，需要参考具体的要求进行论文撰写和查重。
根据研究，论文查重系统主要从以下几个方面进行检测：一是直接从互联网上查找相似度高的文章，这是查重系统中比较直接的方法，如果整篇论文中的某一部分出现与已有文献雷同、抄袭现象，就有可能被检测到。二是将现有文献库和论文进行比对，查看论文中是否有引用其他文献的情况和参考文献是否标准。三是以自然语言处理为基础，通过检查文章中的语言语法、句法及语境无误来判断文献的原创性和合理性。四是通过论文的格式、排版、图片、表格等细节方面进行检测，查看是否存在多篇论文的相同之处。而这些查重能力的不断提高，也是为了更好地防止论文抄袭行为的存在，维护学术研究的公正性与公信力。
总的来说，论文查重系统是一种有效的避免学术不端行为的方式。在某种程度上可以让研究生们更加重视自身的研究能力和创新思维，激励学生更多的去探寻自己的研究领域，扩宽自己的研究思路和视野，从而不断提高自身的文献综合利用能力和学术素养。因此，研究生在写论文时要认真遵守相关的学术规范和标准，养成良好的学术规范与实践习惯，切实加强自身的文献综合利用能力，提升科研水平和综合素质。