重庆市中医院，即重庆市中医研究院，是重庆市内唯一的三级甲等中医院，由原重庆市中医研究所和重庆市中医院合并而成，得到了市委市府的大力支持。它集医疗、科研、制剂、教学和信息研究于一体，是一个全方位的中医药临床医疗科研中心。作为卫生部审定的高等医学教育临床教学实习基地和国家中医管理局的全国中医急症培训中心，医院主办的《中国中医急症》杂志在国内享有盛誉。重庆市中医药学会和重庆市针灸学会也在此设有挂靠单位。
这家医院的历史源远流长，可以追溯到1902年，当时的仁爱堂医院由法国方济各．玛利亚修女会创建，经过多次合并，于1955年成为重庆市第一中医院。1966年，重庆中医研究所成立，其前身是1896年创立的仁济医院，经过政府接管和改名，1985年正式定名为重庆市中医院。在新的世纪，为了满足人们对医疗保健的更高需求，以及推动我市中医药事业的发展，市政府在《关于进一步发展中医事业的决定》中决定合并两院，诞生了今天的重庆市中医院和重庆市中医研究院。
医院的皮肤科作为重点学科，始建于1934年，拥有悠久历史和卓越规模，是国家中医药管理局的重点建设学科和重庆市首批医学重点学科。同时，它还是卫生部化妆品皮肤病诊断与功效检验机构、重庆市皮肤病研究所、性病监测中心和中西医结合皮肤病防治中心的所在地。目前，医院还在建设西部地区中西医结合皮肤科医生培训基地，致力于提升区域医疗服务水平和人才储备。
重庆市中医院（重庆市中医研究院），是在重庆市委、市政府的关心支持下，由原重庆市中医研究所和重庆市中医院于2003年9月正式合并组建而成，是重庆市唯一的集中医临床医疗、教学、科研、制剂、信息研究为一体的三级甲等中医院和中医药临床医疗科研单位。