生物肥料种类繁多，包括生物有机肥料、秸秆腐熟剂和发酵剂、微生物接种剂、光合细菌肥料、复合微生物肥料以及“酵素菌”和“EM”等。
生物有机肥料是将农业和畜牧业废弃物经过有益微生物发酵处理而成，富含有机质和活菌，兼具微生物接种剂与有机肥料的作用。然而，由于生产技术与菌种来源各异，其质量问题较多。微生物接种剂主要使用圆褐固氮菌等，但这些菌种不具备发酵功能。生物有机肥料的标准化制定工作正在进行中，建议企业设定活菌数和有机质含量的标准。
秸秆腐熟剂和发酵剂针对有机废物处理问题，通过微生物发酵减少环境污染。发达国家和中国都在尝试这种方法，以解决农业废弃物处理难题。
微生物接种剂是液体或固体活菌制品，但产品质量不稳定，主要受菌种、载体和发酵设备影响。解决办法包括提纯复壮菌种和改进发酵设备。
光合细菌肥料适用于畜禽饲养、水产养殖，也可用于拌种和叶面喷施，成为现代农业的重要补充。
复合微生物肥料是90年代的新产品，有多种形式，如与有机物料或化肥混合后造粒，与化肥复合肥混合包装，或与有机无机复合肥同时使用。
“酵素菌”和“EM”虽然来自日本，但在中国，由于缺乏明确的生产标准和检测方法，不宜大规模推广。
乳酸菌有机肥如乳酸屎肠球菌“Anp01”，通过发酵分解含氮有机物，具有高分解率和耐高温特性，是优质的有机肥料选择。
狭义的生物肥料，是通过微生物生命活动，使农作物得到特定的肥料效应的制品，也被称之为接种剂或菌肥，它本身不含营养元素，不能代替化肥。广义地生物肥料是既含有作物所需的营养元素，又含有微生物的制品，是生物、有机、无机的结合体它可以代替化肥，提供农作物生长发育所需的各类营养元素。化肥和农药的大量应用对于人类而言利弊并存，为兴利除弊，科学家提出了“生态农业”，逐步实现在农田里少使用或不使用化肥和化学杀虫剂，而使用有机生物肥料和采用微生物方法防治病虫害。