汉献帝建安十三年，曹操率领大军攻打东吴，孙权与刘备结盟抗曹。由于知道魏军大都不谙水性，诸葛亮和周瑜决定用火攻。假意投奔魏军的庞统建议曹操，把魏军的船只用铁索连起来，曹操接受了他的建议。。周瑜打黄盖，黄盖假意投降魏军，在诸葛亮推算出东风将至的时候，带着数十只装满了柴草的船去投奔魏军，接近魏军的船只时，黄盖点燃了穿上的柴草，火借着东风向魏军烧去，不谙水性的魏军死伤无数。
一般人认为曹军失败是因为诸葛亮“巧借东风，火烧赤壁”，但是近年来，有的论者提出了许多关于火攻的质疑。他们认为，曹操之所以失败，原来是因为军队遭遇了疾病瘟疫，导致战斗力丧失，更为详尽的是，他们说是血吸虫病造成曹军赤壁战败。
但是，《三国志》对赤壁之战却又是另外一种描述。《三国志·蜀书·先主传》有记载：“权谴周瑜、程普等水军数万，与先主并力，与曹公战于赤壁，大破之，焚其舟船。”按照这种说法，曹军先是败兵，然后船只才被烧的，而不是因为船被烧而败兵的。那么曹军败兵的原因到底是什么？
早在赤壁大战之前300多年，赤壁一带就有血吸虫病广泛流行。另外《三国志》的魏书、吴书、蜀书及以后的《资治通鉴》记述都一致，曹军流行瘟疫，而且是大疫、死疫，随着考古、医学、史学的发展如今可以证实，这瘟疫是血吸虫病。秋季是血吸虫病的高发期，而曹操恰恰是在秋季开始训练水兵的。所以，干扰血吸虫病的士兵肯定不在少数。而血吸虫病一般又有一个月左右的潜伏期，赤壁之战是在秋末冬初的时候开始的，哪个时候正是士兵们血吸虫病开始全面发作的时候，曹军怎能全心应战？
血吸虫病的说法虽然有些依据，但是也非常有争议，因为曹操当时训练水军是在邺城。邺城不是血吸虫病的疫区，所以感染的可能性不大，而且曹操烧船退兵虽确有其事，但是发生的地点却不是赤壁，而是曹军兵败后撤退到巴丘的时候。对于火攻的理论不可以尽信，血吸虫也确实存在缺陷，那么曹操赤壁战败的原因到底是什么呢？只能作为千古之谜留存在人们心中了。