同：都具有氨基和
羧基，为两性电解质
异：Gly的R基是一个H，是非手性
氨基酸，不具
旋光性；Pro没有自由的α-氨基，是一种α-亚氨基酸。
对蛋白质二级结构的影响：在多肽链中出现脯氨酸和羟脯氨酸使α螺旋中断，产生“结节”。
甘氨酸的R基太小，难以形成α螺旋所需的两面角，所以和Pro一样也是螺旋的最大破坏者。β转角的特定构象在一定程度上取决于其组成氨基酸，某些氨基酸如脯氨酸和甘氨酸经常存在其中，由于甘氨酸缺少侧链（只有一个H）,在β转角中能很好的调整其他残基的空间阻碍，因此是立体化学上最合适的氨基酸；而脯氨酸具有环状结构个固定的角，因此在一定程度上迫使β转角形成，促使多肽链自身回折，且这些回折有助于反平行β折叠的形成。