法律分析：如果开具的收入证明上的收入与该员工实际收入一致，则不会有影响；如果证明上的收高于实际收入，建议在开具收入证明的时候,将证明复印一下,让员工在复印件上面写上“收到此证明原件,该证明仅作办理按揭贷款之用，证明中的收入并非本人实际收入，本人实际收入参见劳动合同”，以防员工拿着收入证明申请劳动仲裁。
法律依据：《个人贷款暂行办法》 第十一条 个人贷款申请应具备以下条件：
(一)借款人为具有完全民事行为能力的中华人民共和国公民或符合国家有关规定的境外自然人；
(二)贷款用途明确合法；
(三)贷款申请数额、期限和币种合理；
(四)借款人具备还款意愿和还款能力；
(五)借款人信用状况良好，无重大不良信用记录；
(六)贷款人要求的其他条件。