地质灾害治理工程的勘查、设计和施工单位资质管理工作由国土资源部及省、自治区、直辖市的国土资源管理部门负责审批。审批流程分为申请和审批两个阶段。
第十二条明确规定，申请资质的单位应在公告的受理时间内向相应机关提交材料。所需材料包括资质申请表、法人资格证明、设立批准文件、工商注册或相关部门登记证明、法定代表人和主要技术负责人任命文件、在职人员信息、相关工程项目的证明材料、机械设备清单、质量管理体系和安全管理文件，以及近五年无安全事故的证明。所有材料需提供纸质版和电子版各一份，其中资质申请表可在国土资源部官网获取。
第十四条要求，申请单位必须如实提供所有资料，并对信息的真实性负责。伪造资料将导致资质证书无效。资质等级的申请分为甲级、乙级和丙级，甲级向国土资源部申请，乙级和丙级则向省、自治区、直辖市的管理部门提出。
审批流程中，审批机关会在二十日内完成审批，如需延长，最多延长十日。审批结束后，拟批准的资质单位将在媒体公示，公示期不少于七日。公示无异议的，将颁发资质证书，如有异议，将进行复核。
资质证书的有效期为三年，期满后如需继续从业，需在到期前三个月内提出延续申请。审批机关将根据单位的活动情况决定是否批准，并更新资质证书有效期。
资质证书遗失或单位发生合并、分立或名称变更等事项，需及时到原审批机关办理相关手续，如需继续从业，可能需要重新申请或办理变更手续。
地质灾害治理工程勘查设计施工单位资质管理办法于2005年5月12日国土资源部第1次部务会议通过，2005年5月20日国土资源部令第30号发布，自2005年7月1日起施行。