中央空调系统的运行费用主要由三个部分构成：直接能源消耗、维护费用以及投资费用分摊。
1.1 直接能源消耗
这部分费用主要包括冷冻站设备的电力和水费用。冷冻机的电耗计算需考虑其在不同负荷下的效率，通常以全年需冷量乘以系统供冷效率（如离心式冷水机组的综合效率为1.005kWh/RTH）计算全年运行电费。水费则主要涉及冷却水系统的补水，以补充冷却塔蒸发损耗，以0.907m³/RTH的循环量和2%的补水参数计算，大约为4.8gal/RTH。
1.2 维护费用
包括人力和保养费用。对于1000RT的系统，需要配备管理人员和技术工人，年薪总计约20万元。专业保养费用方面，尽管起初成本较高，但从长远看，通过合同形式进行维护更为经济，合同内容涵盖管道清洗、电气检查和机械维护，每冷吨年合同金额大约为200万元。
1.3 冷却水处理与冷却塔维护
冷却塔由于国产设备较多，且受气候和环境影响较大，维护量相对较大，费用约每冷吨每年30元。此外，制冷剂泄漏也是需要考虑的因素，离心式机组每年泄漏量在2-8磅，对应每年补充制冷剂费用约67元。
中央空调计费系统的运行费用在选择空调方案，制定物业收费等工作中都起到了关键的作用。通常设计研究和开发商都是简单地以楼宇在冬夏季的电量（电费）差异来计算中央空调供冷的运行费用。由于没有认真分析和考虑在投资、运行、维护等方面的费用，计算的结构并不能全面的反应实际的运行成本。