首先是甄嬛的矛盾心理，甄嬛在入宫前明确许愿表示自己不愿意成为后妃，但是在选秀时却出口成章。其次是剪秋投毒，剪秋的身份其实和甄嬛身边的崔槿汐是一样，奴仆犯错也会影响主子，剪秋为何一怒之下对甄嬛投毒，最终导致皇后全盘皆输。最后就是端妃事件，端妃也是将门之女，多年受辱为何家中不帮扶。并且皇帝设计端妃和华妃事件尚在王府，当时还不确定自己就可以成为皇帝，为何要提前对华妃下手。《甄嬛传》堪称国产古装剧巅峰，其实在逻辑和剧情上已经很优秀了，但是仍有部分情节缺乏合理性。
在入宫前甄嬛特意到寺庙中请愿，希望自己不要到后宫中。并且她还拒绝了求亲的温实初，能看出甄嬛希望良人一心一意。但是在选秀时，甄嬛的表现却截然相反。甄嬛为了不殿前失仪，克制自己怕猫的行为还有情可原，担心连累家人。但是在太后和皇上问话时，甄嬛刻意解释自己的名字，表示自己饱读诗书，最终被皇帝选中。这种情节前后逻辑非常不通，甄嬛虽然害怕，但是可以伪装出略微怯懦的样子其实也不会引起大家的注意。
在剧情中可知，端妃其实做了皇帝的刀，让华妃一生都无法受孕，从而抑制年家的势力。但是首先，端妃和华妃的事情发生在王府，虽然雍正是夺嫡热门，但是还没有确定就是他继承皇位。年羹尧又是自己手下最大的助力，骁勇善战、为人忠诚，此时闹出华妃一事无疑会让年家寒心。其次就是华妃其实也用来制衡端妃和敬妃，二人都是将门之女。但是能坐上妃子也说明端妃家中不俗，为何端妃多年受辱，皇帝与太后不闻不问，家人也丝毫没有问候。虽然这段可以说出华妃家世凶悍，但是也过于弱化了端妃家世。
剪秋和崔槿汐一样，是皇后和甄嬛手下最信任的人之一。剪秋因愤怒而投毒，其实也会牵连皇后。就如崔槿汐和苏培盛私情牵连甄嬛名声一样，最终果然皇后的事情被托盘而出。《甄嬛传》的逻辑其实非常紧密，前后也能自圆其说。但是部分剧情确实脱离了常规的发展，让观众觉得有些疑惑，也让人设有些不符合常理。