土地使用权纠纷是因土地使用权归属不明而产生的纠纷。无论土地的性质和用途如何,只要因占有,使用或者收益发生土地权属纠纷,就是土地使用权纠纷,应当由人民政府处理。
1.土地承包经营权侵权纠纷是因权利人依法取得的农地占有权、使用权和收益权受到非法侵犯而发生的纠纷。确定土地承包经营权侵权纠纷的前提是，不存在占用、使用或盈利的土地所有权纠纷，即所有权清晰。即使权利人的土地承包经营权已通过登记发证程序得到相关机构的确认，但利害关系人对权利归属提出异议，此类纠纷仍应认定为土地使用权纠纷，由政府处理。所有权通过处理、复议、诉讼等程序确认。
2.根据《土地管理法》的规定，土地使用权纠纷由人民政府处理。不同意处理决定的人可在收到决定书后30天内向镇法院起诉。根据《农村土地承包法》的规定，土地承包经营权纠纷可以申请仲裁或者直接诉讼。
3.确定侵权是否为侵权的前提是确认权利主体的既有权利。因此，只要被告对有争议的土地所有权提出异议，土地使用权争议应予以确定，政府应首先确认权利并予以处理。处理程序不是确定和区分案件性质的理由。因为首先确定案件的性质，然后考虑处理程序。
4.根据国土资源部《土地权属纠纷调查处理条例》，政府出具的权属证明是土地权属纠纷调查处理的证据之一。土地使用权权属发生争议的，利害关系人可以请求确认。土地使用权确认在土地管理相关法律文件中称为土地确认。无论它叫什么，本质上都是对土地使用权所有权的确认。土地使用权确认，是指在土地使用权权属不明或者发生纠纷时，要求有关权利机关确认土地使用权权属，以解决土地使用权纠纷的行为。请求确认土地使用权的权利由土地的特定利害关系方行使。利害关系人不一定是土地使用权人。当土地使用权权属不明或发生争议时，利害关系人可以是与土地使用权有法律关系的自然人、法人和其他组织的任何特定土地使用权，并可向有关部门或机构提出土地使用权确认申请。
5.土地使用权的确认是土地使用权保护的前提。只有确认土地使用权，才能明确土地使用权的归属。只有在土地使用权权属明确，土地使用权受到侵害或阻碍，土地使用权人可以直接行使土地使用权的请求权，并以土地使用权的方式予以保护，也可以行使请求权，并以债权的方式予以保护。当土地使用权权属不明或者发生争议时，应当先确认土地使用权，待土地使用权归属后，才能确定谁是土地使用权的真正持有人和请求权的主体。
6.土地使用权确认的主体是行政机关和人民法院。对行政机关确定权限的决定不服的，申请行政复议，提起行政诉讼，由人民法院进行司法审查。土地使用权的确认包括两个方面：一是土地使用权权属的确认，二是土地使用权内容的确认。确认土地使用权的所有权。
土地使用权是外延比较大的概念，这里的土地包括农用地、建设用地、未利用地的使用权即占有、利用、收益土地的权利。土地使用权的客体包括国有土地和集体土地。
农用地使用权指的是土地承包经营权；国有土地建设用地指建设用地使用权；集体土地用于建住宅，称宅基地使用权。
土地使用权争议是因土地使用权属归哪一方即权属不清而发生的争议。无论土地性质和用途如何，只要因占有、利用、收益土地的权属归属存在争议，就是土地使用权争议，应由人民政府处理。
土地承包经营权侵权纠纷是权利人已经依法取得的农用地占有、利用、收益权利遭受他人非法的侵犯而发生的纠纷。认定土地承包经营权侵权纠纷的前提是：对占有、利用、收益土地的权属归属不存在争议即权属归属明确。即使权利人的土地承包经营权曾经被有关机关通过登记发证等程序确认，但利害关系人对权属归属提出异议，这类纠纷仍应认定为土地使用权纠纷，由政府处理。归属经处理、复议、诉讼等程序确认。
根据土地管理法的规定，土地使用权争议，由人民政府处理。对处理决定不服的，接到决定书30日内，可以乡法院起诉。根据农村土地承包法的规定，土地承包经营权争议，可以申请仲裁或直接起诉。
认定是否侵权，前提是确认权利主体既确权。因此，被告只要对诉争土地权属提出异议，应认定土地使用权纠纷，先由政府确权处理。处理程序不是认定和区分案件性质的理由。因为先确定案件性质，再考虑处理程序。
根据国土资源部土地权属争议调查处理规定，土地权属争议调查处理过程中政府颁发的权属证书作为证据之一，这说明政府已经颁发证书的土地也可能发生权属争议。
因土地使用权的归属发生争议的，利害关系人可以请求确认权利。
土地使用权确认在有关土地管理的法律文件中，被称为土地确权。不论称为如何，实质上都是对土地使用权归属的确认。
土地使用权确认是指在土地使用权的归属不明或发生争议时，利害关系人请求有关权利机关 确认土地使用权归属，从而解决土地使用权争议的行为。土地使用权确认请求权由对特定的土地有利害关系人行使，利害关系人不一定是土地使用权人，在土地使用权的归属不清或发生争议时，利害关系人可以是任何与特定的土地就土地使用权归属有土地使用权法律关系的自然人、法人和其他组织，他们都可以向有关机关或机构提出土地使用权确认的请求。
土地使用权确认是土地使用权保护的前提，只有通过确认土地使用权，才能明确土地使用权的归属，只有在土地使用权归属明确的情形下，土地使用权受到侵害或妨害，土地使用权人既可以直接行使土地使用权请求权，以土地使用权方法进行保护，也可以行使债权请求权，以债权方法进行保护。在土地使用权归属不明或发生归属争议的情况下，首先应通过土地使用权确认，明确土地使用权归属之后，才能确定谁是真正的土地使用权人，才能确定请求权行使的主体。
土地使用权确认的确权主体是行政机关合人民法院 行政机关拥有行政裁决权，对有关土地权属等争议，依法行使裁决权。对行政机关确权决定不服的，申请行政复议，提起行政诉讼，人民法院行使司法审查。
土地使用权的确认包括两方面的内容：一是对土地使用权归属的确认，二是对土地使用权内容的确认。
确认土地使用权的归属就是确认土地使用权的权利主体，即确认对特定的土地享有直接占有和排他权利的权利人，所要确认的权利主体，包括使用权和担保权的权利人。行使返还原物、消除危险、排除妨害、赔偿损失等请求权，都是以土地使用权归属确定为前提，如若权利归属不清，行使土地使用权请求权和侵权请求权将没有依据。
2. 土地承包经营权确认纠纷与土地使用权确权纠纷有何区别
区别：
1、土地承包经营权纠纷，是土地承包者与农村集体经济组织的纠纷；土地使用权纠纷，则是土地使用者与单位或者个人之间的纠纷。
2、土地承包经营权是不能继承的，土地承包经营权属于用益物权，只是占有、使用、和收益的权利，对土地没有所有权，土地使用权是凡具备法定条件者，依照法定程序或依约定对国有土地或农民集体土地所享有的占有、利用、收益和有限处分的权利。
3、土地承包经营权确认纠纷是用于农业生产，土地使用权的确权纠纷是企业用地或者宅基地或者其他非农用地，如果是土地权属纠纷，由国土资源局的地籍部门受理。
(2)土地使用权确权是先仲裁还是复议扩展阅读：
征地制度
2013年全国两会给土地改革定下清晰的方向与目标：加快农村土地征收改革与完善土地流转制度;建立农村金融机制，制止地方土地生财。
两会土地改革：农村土地确权保障农民权益
逐步建立城乡统一的建设用地市场、实现农村集体经营性建设用地与国有土地享有平等权益成为他们共同的呼声。
在本次政协会议的提案中，九三学社中央毫不讳言征地制度改革是一块难啃但必须要啃的“硬骨头”，称“只要走好农村土地登记确权的第一步，改革条件就基本具备”。
实际上，这也已经成为中央高层和业内的共识。
加强土地承包经营权流转管理和服务，发展适度规模经营。
关于此项工作的重要意义，国土资源部地籍管理司司长朱留华早前已给出明确答案。他表示，短期来看，农村集体土地确权登记可有效解决农村集体土地权属纠纷，在城镇化、工业化和农业现代化进程中切实维护农民权益。
长期来看，有助于依法确认和保障农民的土地物权，形成产权清晰、权能明确、权益保障、流转顺畅、分配合理的农村集体土地产权制度，是建设城乡统一的土地市场的前提。
3. 土地出现纠纷怎么确权
您好：
土地使用权出现争议时，怎么才能确定土地使用权权属。在实践中，土地使用权出现争议怎么确权？在土地使用权出现争议时，有哪些规定可以作为确定土地使用权的标准？土地使用权是相关权益人的合法权益。
一、行政诉讼在土地确权案件中的作用与立法预求相去甚远
《中华人民共和国行政诉讼法》第一条规定：“为保证人民法院正确及时审理行政案件，保护公民、法人和其他组织的合法权益，维护和监督行政机关依法行使职权，根据宪法制定本法。”显然本法的立法目的是为法院审理行政案件提供保障，为行政相对人的权利救济提供渠道，促进行政机关依法行政，这就是诉讼法的立法目的、立法预求。就土地确权案件而言，行政诉讼的立法预求难以实现。理由如下：
一、土地确权案件不仅涉及土地行政管理关系，同时涉及平等主体之间的民事关系。单纯的行政诉讼以审查被诉具体行政行为是否合法的审查制度，很难触及查清行政争议的本质，使行政审判的审查停留在行政行为的是否合法的表层的问题上，当然这对于行政审判而言是核心问题，而从“保护公民、法人和其他组织的合法权益”角度讲，这里的审查显然属于表层次的问题，这是行政诉讼审查制度与立法目的在土地确权案件中暴露出的矛盾。
二、行政相对人的诉讼请求往往得不到人民法院的审查角度、范围完整的呼应。行政相对人之诉愿在于实现其对土地的使用权，实现其民法上的物权，希望人民法院通过行政审判监督行政机关的违法行为，从而实现其根本的请求，但行政诉讼的审查角度虽然立足于相对人的民法上的权利即土地使用权而赋予其起诉的资格，但审查的靶子是行政行为是否违法。依照《行政诉讼法》第五十四条之规定，人民法院对被诉具体行政行为全面审查，只要存在五种违法情形中的任何一种即应判决撤销。相对人民法上的权利是否可以得以实现，并不是行政判决关注的焦点，其裁判的结果也往往不能满足相对人的根本的诉讼请求。
三、撤销判决对相对人的土地使用权保护只能是宣告式的，宣告被诉确权行为侵害了原告的合法权益，也不能真正使其权利的内容明朗化、确定化。因此，即使判决撤销确权文件，决定也并不能彻底解决问题。第四、审判实践中存在大量的行政机关败诉后不再作作为，拖延作为的问题，有的将矛盾推向法院，从而使当事人最高关注的土地权利悬而未决，使当事人长期陷入无尽的纷争中，审判实践中因不服土地确权引起的行政诉讼案件反复审理长达五、六年的并不罕见，审判的法律效果、社会效果均受到质疑。
上述问题实质就是行政审判土地确权案件并不能一步到位，切中当事人真正的诉愿，将其关注的民事争议解决彻底。针对该问题，有人提出以行政附带民事的方式一并解决，最高人民法院关于执行行政诉讼法的98条解释第61条似乎采用了此观点。最高人民法院行政庭对98条司法释义专著对该条解释又称行政与民事的判决、裁定一般分别作出。这其实并不是附带民事诉讼，只能是同一审判组织包揽行政诉讼和民事诉讼而已，况且分别作出必然由行政庭作出民事判决，违反了法院组织法及诉讼法的规定。因此笔者认为应当明确行政附带民事制度。这类行政争议基于民事而言，人民法院审理民事争议是天经地义，合并审理不存在理论上的障碍。在《中华人民共和国土地法》出台前，土地使用权争议案件本身就是由人民法院作为民事案件审理。在行政诉讼中，无论是原告或是第三人提出解决相关民事争议的请求都应该允许，而事实上无论原告或第三人除对被诉确权决定表示异议或支持外，对争议土地的归属肯定是要提出自己的请求。