1、部分农村基层党组织不够重视，造成发展党员工作相对滞后。当前农村发展党员工作中之所以存在这样那样的问题，一个重要的原因是部分农村基层党组织，特别是部分农村党支部书记对农村党员队伍现状及所面临的问题认识不清，对如何改善农民党员队伍结构问题重视不够、认识不足，没有明确的措施和办法。有些村党支部发展党员“坐等上门”思想严重，实行“姜太公钓鱼，愿者上钩”的工作方法，发展党员工作存在放任自流的现象。
2、少数农村基层党组织核心作用发挥不好，影响了党组织的凝聚力和吸引力。有的党支部在落实
科学发展观，带领群众发展经济方面思路不宽、办法不多，特别是对群众迫切需要解决的一些热点、难点、焦点问题解决不到位，不能很好地带领群众走共同致富的道路，导致党组织缺乏凝聚力和吸引力。有的党支部要求党员尽义务多，讲权利少，很多棘手的事情要求党员带头，而党员应享有的权利得不到很好的落实，在遇到困难时不能及时得到组织帮助和关怀，挫伤了一些党员的积极性。这无形中降低了组织的威信，影响了党的凝聚力。有些党支部组织活动开展不正常，甚至不开展党支部活动，党员很少过
组织生活，这样就造成了党内各项工作不正常，对党员的教育管理不到位，削弱了党组织在群众心中的威信和吸引力。
3、
党员的先锋模范作用没有充分体现，缺乏应有的号召力。因部分村党支部疏于对
入党积极分子和党员进行教育管理，致使其思想行为与普通群众无异，有的甚至还不如普通群众。如先进意识淡化、组织观念弱化、服务意识淡薄；带头致富、带领群众致富的“双带”能力不强；甚至有的党员干部存在贪污、
挪用公款等违法违纪行为。党员队伍中存在的种种问题，降低了党员在群众中的威信，使许多青年对入党缺乏“光荣感”和吸引力。
4、大量农村青年外出，选人育人渠道受到限制。外出务工、发家致富仍是欠发达地区青年的首要选择，农村青壮年，大、中专和高中毕业生、复退军人等大量外出务工、经商。由于长年在外，村党支部看不到、管不着，选人育人渠道受到很大限制。好“苗子”难找，农村入党积极分子缺乏“源头活水”，造成
发展对象严重不足。
5、部分农民群众对入党认识模糊，缺乏积极性。近几年，受市场经济影响，部分农村群众的
人生观、价值观发生变化，入党热情较以前有所下降。
6、缺乏配套的发展党员工作机制。长期以来，我们党对发展党员工作，探索积累了丰富经验，形成了规范章程，为发展党员工作提供了制度保证。但农村发展党员工作机制仍然不够健全，不能适应新形势下农村发展党员工作的要求。如考核、
激励机制缺乏，党务知识欠缺，业务操作不规范等。有些乡村领导班子变动，往往疏于交接，导致发展党员工作心中无数，无计划措施，培养与发展脱节。
存在问题的主要原因
1、市场经济的大气候和一些社会不良现象，对农村青年积极入党产生了消极影响。随着我国
社会主义市场经济体制的建立和不断发展，农村发生了深刻变化，社会经济成分，社会生活方式、
社会组织形式，就业岗位和就业方式日趋多样化，带来了相当大的利益调整，“一切向钱看”，“金钱决定一切”等错误思潮深刻地影响了农村广大青年，导致相当数量的农村青年把金钱放在第一位，市场观念、商品观念、利益观念日益增强，重利益、轻理想、
实用主义、利已主义至上。同时也影响到广大党员群众思想变化，不少党员群众
价值观念发生了变化，由注重政治地位转向注重经济地位，由注重集体命运转向注重自身价值，讲究实惠的多了，甘愿奉献的少了。一些党员的理想观念发生动摇，自身素质不高，模范带头作用发挥不够，混同普通老百姓，造成群众对党失去信心。同时，当前社会上的一些消极腐败现象，也对青年入党的积极性产生了负面影响。
2、农村回乡知青少，在现有农村青年中发展党员与现阶段发展党员的要求不相适应。近几年，随着教育体制改革，中高等院校招生比例逐步扩大，农村大多数学生为逃脱农们（就是自费也要）继续行深造，深造后的青年学生又不愿意回乡务农，或外出打工，或从事二、三产业，回乡知识青年越来越少，一些农村乡镇知识青年党员的发展成断档趋势。据统计，大同镇1999年至2007年中农村高中毕业生达1460名，实际回乡务农的只有30%左右，近三年发展的高中以上学历农民党员102名，只是发展农民党员总数25.3%，而在现有农村青年中发展党员又与出阶段发展党员的要求不相适应，导致了农村入党积极分子后继乏人。