A、生命起源于非生命的物质，原始大气（包括水蒸气、氢、氨、甲烷等）在高温、紫外线以及雷电等一些自然条件的长期作用下，逐渐形成了许多简单的物，最终经过复杂的变化、漫长的时间在原始海洋里终于演变出原始的生命，A正确．
B、化石是由古代生物的遗体、遗物或生活痕迹等，由于某种原因被埋藏在地层中，经过漫长的年代和复杂的变化而形成的．不同的地层中埋藏着不同类型的生物化石，化石是研究地球上生物进化的非常重要的、直接的证据，B正确．
C、生物是不断进化的，通过进化才产生了多种多样的丰富多彩的生物，因此生物多样性是进化的结果，C正确．
D、越是古老的地层中发掘的生物化石结构越简单、低等，水生生物的化石越多；越是晚期的地层中发掘的生物化石结构越复杂、高等，陆生生物化石越多．D错误．
故选：D
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